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万見
- PDB-1sx0: Solution NMR Structure and X-Ray Absorption Analysis of the C-Ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sx0
タイトルSolution NMR Structure and X-Ray Absorption Analysis of the C-Terminal Zinc-Binding Domain of the SecA ATPase
要素SecA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / zinc / metal ion / tetrahedral coordination / no secondary structure / structural zinc coordination
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dempsey, B.R. / Wrona, M. / Moulin, J.M. / Gloor, G.B. / Jalilehvand, F. / Lajoie, G. / Shaw, G.S. / Shilton, B.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution NMR Structure and X-ray Absorption Analysis of the C-Terminal Zinc-Binding Domain of the SecA ATPase.
著者: Dempsey, B.R. / Wrona, M. / Moulin, J.M. / Gloor, G.B. / Jalilehvand, F. / Lajoie, G. / Shaw, G.S. / Shilton, B.H.
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SecA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4261
ポリマ－2,4261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SecA


分子量: 2425.836 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Zinc Binding Domain / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid phase peptide synthesis, N-terminally acetylated. The sequence of this peptide naturally exists in Escherichia coli

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
113DQF-COSY
2222D NOESY
2342D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard two-dimensional 1H NMR techniques. This set of structures is the calculation of the initial fold of the domain without using restraints for zinc ...Text: This structure was determined using standard two-dimensional 1H NMR techniques. This set of structures is the calculation of the initial fold of the domain without using restraints for zinc coordination. A second set of structures has been deposited that is a refinement of this fold using zinc coordination restraints based on EXAFS data for this domain.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.7mM SecA Zinc Binding Domain NA; 20mM deuterated Pipes buffer, 50mM NaCl, 5mM NaN3, 0.5mM TCEP, 3.4mM ZnCl290% H2O/10% D2O
23.5mM SecA Zinc Binding Domain NA; 20mM deuterated Pipes buffer, 50mM NaCl, 5mM NaN3, 0.5mM TCEP, 7mM ZnCl290% H2O/10% D2O
31.7mM SecA Zinc Binding Domain NA; 20mM deuterated Pipes buffer, 50mM NaCl, 5mM NaN3, 0.5mM TCEP, 3.4mM ZnCl2100% D2O
43.5mM SecA Zinc Binding Domain NA; 20mM deuterated Pipes buffer, 50mM NaCl, 5mM NaN3, 0.5mM TCEP, 7mM ZnCl2100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl, 5mM NaN3, 3.4mM ZnCl2 7ambient 298 K
250mM NaCl, 5mM NaN3, 7mM ZnCl2 7ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger et al.構造決定
NMRPipe2.1Delaglio et al.解析
VNMR6.1cVarian解析
Pipp/Stapp4.3.3Garrett et al.データ解析
CNS1.1Brunger et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: structures based on 307 restraints, 274 are NOE-derived distance restraints, 33 are dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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