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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1swy | ||||||
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タイトル | Use of a Halide Binding Site to Bypass the 1000-atom Limit to Ab initio Structure Determination | ||||||
要素 | Lysozyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Rb+ binding sites / Ab initio direct methods | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å | ||||||
データ登録者 | Mooers, B.H.M. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods. 著者: Mooers, B.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1swy.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1swy.ent.gz | 76.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1swy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1swy_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1swy_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1swy_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1swy_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18590.377 Da / 分子数: 1 / 変異: D72A, R96E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: PH1403 / 細胞株 (発現宿主): RR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-RB / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 % 解説: SOLUTION WAS OBTAINED VERY QUICKLY. BIJVOET Patterson was easy to interpret. |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.7 詳細: sodium:potassium phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.70 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.773 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.773 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→22 Å / Num. obs: 87349 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.12 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 91.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→22 Å / Num. parameters: 15912 / Num. restraintsaints: 18212 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ATOMS NOT IN 1 SIGMA ELECTRON DENSITY WERE REMOVED FROM THE MODEL. RESIDUES 55 AND 162-164 WERE DIFFICULT TO MODEL DUE TO DISORDER. NOT ALL OF THE DENISTY AROUND THE DISORDERED BME COULD BE MODELLED.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELXL IMPLEMENTATION OF BABINET METHOD SWAT 1 0.87379 SWAT 2 3.03190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→22 Å
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拘束条件 |
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