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万見
- PDB-1svc: NFKB P50 HOMODIMER BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1svc
タイトルNFKB P50 HOMODIMER BOUND TO DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*A P*GP*A)-3')
  • PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage ...I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / CLEC7A/inflammasome pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Interleukin-1 processing / cellular response to interleukin-6 / cellular response to dsRNA / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / actinin binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / signal transduction involved in regulation of gene expression / TRAF6 mediated NF-kB activation / cellular response to angiotensin / Transcriptional Regulation by VENTX / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / NF-kB is activated and signals survival / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / JNK cascade / response to muscle stretch / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein sequestering activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Activation of NF-kappaB in B cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to mechanical stimulus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cellular response to virus / PKMTs methylate histone lysines / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / specific granule lumen / HCMV Early Events / Downstream TCR signaling / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / secretory granule lumen / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / Neutrophil degranulation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain ...Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mueller, C.W. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of the NF-kappa B p50 homodimer bound to DNA.
著者: Muller, C.W. / Rey, F.A. / Sodeoka, M. / Verdine, G.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録1995年11月27日処理サイト: NDB
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*A P*GP*A)-3')
P: PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0082
ポリマ－47,0082
非ポリマー00
水1,13563
1
D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*A P*GP*A)-3')
P: PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))

D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*A P*GP*A)-3')
P: PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0154
ポリマ－94,0154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)137.000, 137.000, 57.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*A P*GP*A)-3')


分子量: 5878.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB))


分子量: 41128.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / キーワード: MUTANT C62A / 参照: UniProt: P19838
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 600011
3NACL11
4HEPES11
5DTT11
結晶化
*PLUS
pH: 4.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.18 mMprotein dimer1drop
20.22 mMDNA duplex1drop
30.1 M1dropNaCl
410 mM1drop
550 mMsodium acetate1reservoir
650 mM1reservoirMgCl2
71 mMdithiothreitol1reservoir
82 mMspermine1reservoir
91-4 %PEG30001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→12 Å / Num. obs: 15658
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 12 Å / Rmerge(I) obs: 0.045

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→12 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 --
Rwork0.225 --
obs0.225 15648 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2449 391 0 63 2903
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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