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万見
- PDB-1sus: Crystal structure of alfalfa feruoyl coenzyme A 3-O-methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sus
タイトルCrystal structure of alfalfa feruoyl coenzyme A 3-O-methyltransferase
要素Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / PROTEIN-COFACTOR-SUBSTRATE COMPLEX / O-METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


caffeoyl-CoA O-methyltransferase / caffeoyl-CoA O-methyltransferase activity / lignin biosynthetic process / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / SINAPOYL COENZYME A / Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ferrer, J.-L. / Zubieta, C. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Alfalfa Caffeoyl Coenzyme A 3-O-Methyltransferase
著者: Ferrer, J.-L. / Zubieta, C. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
B: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
C: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
D: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,81413
ポリマ－112,1454
非ポリマー2,6709
水1,18966
1
A: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
C: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8937
ポリマ－56,0722
非ポリマー1,8215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
2
B: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子

B: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9216
ポリマ－56,0722
非ポリマー8494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
3
D: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子

D: Caffeoyl-CoA O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9216
ポリマ－56,0722
非ポリマー8494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)60.854, 136.486, 332.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Caffeoyl-CoA O-methyltransferase / Trans-caffeoyl-CoA 3-O-methyltransferase / CCoAMT / CCoAOMT


分子量: 28036.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
遺伝子: CCOMT / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40313, caffeoyl-CoA O-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-SPF / SINAPOYL COENZYME A


分子量: 971.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H44N7O20P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, TAPS, calcium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97966, 0.97927, 0.97549
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月18日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979661
20.979271
30.975491
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 37858 / Num. obs: 37858 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 79.7 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 1.44 % / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→25 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1789 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all-35644 --
obs-35644 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.07 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.84 Å20 Å20 Å2
2---5.56 Å20 Å2
3---9.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7210 0 171 66 7447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 228 -
Rwork0.386 3723 -
obs--61.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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