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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1stf | ||||||
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タイトル | THE REFINED 2.4 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN STEFIN B IN COMPLEX WITH THE CYSTEINE PROTEINASE PAPAIN: A NOVEL TYPE OF PROTEINASE INHIBITOR INTERACTION | ||||||
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![]() | HYDROLASE(SULFHYDRYL PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() papain / negative regulation of peptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / serpin family protein binding / adult locomotory behavior / proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of proteolysis / tertiary granule lumen / secretory granule lumen ...papain / negative regulation of peptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / serpin family protein binding / adult locomotory behavior / proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of proteolysis / tertiary granule lumen / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / nucleolus / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stubbs, M.T. / Laber, B. / Bode, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The refined 2.4 A X-ray crystal structure of recombinant human stefin B in complex with the cysteine proteinase papain: a novel type of proteinase inhibitor interaction. 著者: Stubbs, M.T. / Laber, B. / Bode, W. / Huber, R. / Jerala, R. / Lenarcic, B. / Turk, V. #1: ![]() タイトル: Minireview: The Cystatins: Protein Inhibitors of Cysteine Proteinases 著者: Turk, V. / Bode, W. #2: ![]() タイトル: Mutations in the Qvvag Region of the Cysteine Proteinase Inhibitor Stefin B 著者: Jerala, R. / Trstenjak-Prebanda, M. / Kroon-Zitko, L. / Lenarcic, B. / Turk, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 380.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO E 152 2: VAL I 66 - GLY I 67 OMEGA =214.83 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23507.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11173.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.37 Å / Num. obs: 16084 / % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.102 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.37 Å / 最低解像度: 2.44 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: EREF / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.37→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.37→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: EREF / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.37 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 16033 / Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: o_angle_d / Dev ideal: 2.1 |