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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1stb | ||||||
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タイトル | ACCOMMODATION OF INSERTION MUTATIONS ON THE SURFACE AND IN THE INTERIOR OF STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Quirk, S. / Gittis, A. / Keefe, L.J. / Lattman, E.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Accommodation of insertion mutations on the surface and in the interior of staphylococcal nuclease. 著者: Keefe, L.J. / Quirk, S. / Gittis, A. / Sondek, J. / Lattman, E.E. #1: ![]() タイトル: The Alpha Aneurism: A Structural Motif Revealed in an Insertion Mutant of Staphylococcal Nuclease 著者: Keefe, L.J. / Sondek, J. / Shortle, D. / Lattman, E.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 117 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16956.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE INSERTED LEUCINE RESIDUE IS ACCOMMODATED IN A REGISTER SHIFT THAT CHANGES THE CONFORMATION OF ...THE INSERTED LEUCINE RESIDUE IS ACCOMMODAT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8.15 / 手法: 蒸気拡散法詳細: taken from Loll, P.J. and Lattman, E.E. (1989). Proteins Struct. Funct. Genet., 5, 183-201. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 7854 / % possible obs: 85.1 % / Num. measured all: 42548 / Rmerge(I) obs: 0.042 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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