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万見
- PDB-1st6: Crystal structure of a cytoskeletal protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1st6
タイトルCrystal structure of a cytoskeletal protein
要素Vinculin
キーワードCELL ADHESION / up-down bundles
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens ...muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / fascia adherens / dystroglycan binding / MAP2K and MAPK activation / muscle alpha-actinin binding / alpha-catenin binding / vinculin binding / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / alpha-actinin binding / brush border / skeletal muscle myofibril / stress fiber / regulation of cell migration / Neutrophil degranulation / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / cell projection / neuromuscular junction / sarcolemma / beta-catenin binding / Z disc / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / scaffold protein binding / cytoskeleton / mitochondrial inner membrane / cell adhesion / cadherin binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin, Vh2 four-helix bundle / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Vinculin, Vh2 four-helix bundle / Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bakolitsa, C. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for vinculin activation at sites of cell adhesion.
著者: Bakolitsa, C. / Cohen, D.M. / Bankston, L.A. / Bobkov, A.A. / Cadwell, G.W. / Jennings, L. / Critchley, D.R. / Craig, S.W. / Liddington, R.C.
履歴
登録2004年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5091
ポリマ－117,5091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.020, 126.947, 351.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 117509.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: VCL / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12003

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, cacodylic acid, dtt, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.93924, 0.97955
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.939241
20.979551
反射解像度: 3.1→46.96 Å / Num. all: 23402 / Num. obs: 23379 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 99.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Num. unique all: 3829 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
XPREPデータ削減
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→46.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 3235608.91 / Data cutoff high rms absF: 3235608.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.357 1134 4.9 %RANDOM
Rwork0.316 ---
all0.318 23402 --
obs0.316 23379 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.3653 Å2 / ksol: 0.300822 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 127.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.52 Å20 Å20 Å2
2---19.36 Å20 Å2
3----11.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.75 Å0.66 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.98 Å0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8058 0 0 0 8058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.23
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 190 5 %
Rwork0.428 3639 -
obs-3639 99.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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