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- PDB-1st4: Structure of DcpS bound to m7GpppA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1st4
タイトルStructure of DcpS bound to m7GpppA
要素mRNA decapping enzyme
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA DECAY / EXOSOME / DECAPPING / HIT PROTEIN / MESSENGER RNA / MRNA / CAP
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body ...mRNA methylguanosine-cap decapping / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / RNA exonuclease activity / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like ...mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GTA / YTTRIUM (III) ION / m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Gu, M. / Fabrega, C. / Liu, S.W. / Liu, H. / Kiledjian, M. / Lima, C.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
著者: Gu, M. / Fabrega, C. / Liu, S.W. / Liu, H. / Kiledjian, M. / Lima, C.D.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: mRNA decapping enzyme
A: mRNA decapping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1197
ポリマ－77,2772
非ポリマー1,8425
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.037, 95.452, 177.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細ASYMMETRIC UNIT CONTAINS BIOLOGICAL DIMER

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要素

#1: タンパク質 mRNA decapping enzyme


分子量: 38638.699 Da / 分子数: 2 / 変異: HIS277ASN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCPS / プラスミド: PSMT3(PET28B) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CP RIL / 参照: UniProt: Q96C86
#2: 化合物 ChemComp-GTA / P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / 7-METHYL-GPPPA / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-三りん酸Oγ-(5′-アデノシル)


分子量: 787.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O17P3
#3: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, PH5; 10mM YCl3, 10% PEG 8000; 2mM m7GpppA; 10mM MgCl2 , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 66798 / Num. obs: 64794 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
REFMAC5.1.24精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ST0

1st0


解像度: 2.02→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24948 3280 5.1 %random
Rwork0.2008 ---
all0.20331 66764 --
obs-64761 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4897 0 105 401 5403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.59
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.37 168
Rwork0.351 -
obs-3370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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