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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ss4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Glyoxalase Family Protein APC24694 from Bacillus cereus | ||||||
要素 | Glyoxalase family protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / unknown function / Glyoxalase / Bacillus cereus / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Glyoxalase Family Protein APC24694 from Bacillus cereus 著者: Kim, Y. / Li, H. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ss4.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ss4.ent.gz | 59.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ss4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ss4_validation.pdf.gz | 786 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ss4_full_validation.pdf.gz | 792.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ss4_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ss4_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17152.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DES / 参照: UniProt: Q81F54 |
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-非ポリマー , 7種, 285分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||||||
#5: 化合物 | ChemComp-FMT / #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-GSH / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Sodium acetate, sodium formate, sodium citrate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.84→33.57 Å / Num. all: 37317 / Num. obs: 35036 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / % possible all: 82.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→33.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 449646.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8672 Å2 / ksol: 0.402708 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→33.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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