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- PDB-1srs: SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1srs
タイトルSERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*A P*AP*G)-3')
  • PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / MADS-DOMAIN / COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


serum response element binding / positive regulation of transcription by glucose / bronchus cartilage development / lung smooth muscle development / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / trachea cartilage development / dorsal aorta morphogenesis / morphogenesis of an epithelial sheet / regulation of smooth muscle cell differentiation / primitive streak formation ...serum response element binding / positive regulation of transcription by glucose / bronchus cartilage development / lung smooth muscle development / cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / trachea cartilage development / dorsal aorta morphogenesis / morphogenesis of an epithelial sheet / regulation of smooth muscle cell differentiation / primitive streak formation / Regulation of NPAS4 gene transcription / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / primary miRNA binding / epithelial cell-cell adhesion / epithelial structure maintenance / negative regulation of amyloid-beta clearance / skin morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / trophectodermal cell differentiation / bicellular tight junction assembly / cardiac myofibril assembly / positive regulation of smooth muscle contraction / filopodium assembly / NGF-stimulated transcription / heart trabecula formation / positive thymic T cell selection / axon extension / angiogenesis involved in wound healing / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Cardiogenesis / long-term synaptic depression / positive regulation of filopodium assembly / platelet formation / sarcomere organization / megakaryocyte development / muscle cell cellular homeostasis / branching involved in blood vessel morphogenesis / stress fiber assembly / eyelid development in camera-type eye / heart looping / face development / lung morphogenesis / associative learning / thyroid gland development / mesoderm formation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / long-term memory / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / establishment of skin barrier / positive regulation of axon extension / neuron development / erythrocyte development / regulation of cell adhesion / response to hormone / response to cytokine / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell migration / thymus development / hippocampus development / cell-matrix adhesion / positive regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate Formins / cellular response to glucose stimulus / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / platelet activation / histone deacetylase binding / response to toxic substance / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular senescence / heart development / actin cytoskeleton organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS ...MADS SRF-like / : / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Serum response factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pellegrini, L. / Tan, S. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structure of serum response factor core bound to DNA.
著者: Pellegrini, L. / Tan, S. / Richmond, T.J.
履歴
登録1995年7月28日処理サイト: NDB
改定 1.01995年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
W: DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*A P*AP*G)-3')
A: PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))
B: PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3224
ポリマ－32,3224
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.840, 106.840, 76.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細THERE IS ONE COMPLEX PER ASYMMETRIC UNIT CONSISTING OF TWO IDENTICAL POLYPEPTIDE CHAINS LABELLED *A* AND *B* AND TWO DNA CHAINS LABELLED *W* AND *C*.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*TP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 5867.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*GP*A P*AP*G)-3')


分子量: 5853.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))


分子量: 10300.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRF CORE (RESIDUES 132-223) / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): SRF CORE (RESIDUES 132-223) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P11831

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 600011
3NH4 CITRATE11
4BIS-TRIS-PROPANE11
5MGCL211
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 mMprotein DNA complex1drop
250-150 mM1drop(NH)4H citrate
350 mMbis-Tris1drop
430 mM1dropMgCl2
56 %PEG60001drop
650-150 mM1reservoir(NH)4H citrate
750 mMbis-Tris1reservoir
830 mM1reservoirMgCl2
96 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 7629 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.106
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 98 %

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.2→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.228 --
obs0.228 7162 96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 769 1 0 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d35.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg35.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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