PDB-1srq: Crystal Structure of the Rap1GAP catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1srq

タイトル

Crystal Structure of the Rap1GAP catalytic domain

要素

GTPase-activating protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / MIXED ALPHA-BETA

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of microvillus assembly / negative regulation of thyroid gland epithelial cell proliferation / cellular response to glial cell derived neurotrophic factor / Rap1 signalling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of GTPase activity / RET signaling / negative regulation of neuron differentiation / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Daumke, O. / Weyand, M. / Chakrabarti, P.P. / Vetter, I.R. / Wittinghofer, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: The GTPase activating protein Rap1GAP uses a catalytic asparagine
著者: Daumke, O. / Weyand, M. / Chakrabarti, P.P. / Vetter, I.R. / Wittinghofer, A.

履歴

登録	2004年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1srq.cif.gz	210.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1srq.ent.gz	168.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1srq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1srq_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1srq_full_validation.pdf.gz	521.8 KB	表示
XML形式データ	1srq_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	1srq_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1srq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1srq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2om0-d 2om1-d 6t99-d 2p7q-4 2p7p-4 3cwc-d 3no0-d 2p7m-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase-activating protein 1

B: GTPase-activating protein 1

C: GTPase-activating protein 1

D: GTPase-activating protein 1

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTPase-activating protein 1

B: GTPase-activating protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GTPase-activating protein 1

D: GTPase-activating protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.7, 224.5, 48.7
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	GTPase-activating protein 1 / Rap1GAP 分子量: 38958.301 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 75-415, catalytic fragment / 変異: Q204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1GA1 / プラスミド: pGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P47736
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PEG 3350, MPD, magnesium sulfate, HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Sagitally focusing Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 42290 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 71 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.9→2.972 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique all: 4032 / R_sym value: 0.345 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9→14.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 16.114 / SU ML: 0.308 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.743 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	2103	5 %	RANDOM
R_work	0.23179	-	-	-
all	0.234	40001	-	-
obs	0.234	40001	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8168	0	26	47	8241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.952	11342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4	5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.386	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.375	1.5	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.688	2	8210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.212	3	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.921	4.5	3132

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.379	153
R_work	0.327	2813

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0842	3.074	0.0441	3.7198	1.0009	6.7805	-0.2876	0.731	0.4947	-0.2006	0.226	0.4129	-0.3872	-0.6309	0.0616	0.3572	-0.1007	-0.0172	0.2905	0.0788	0.3275	136.3322	188.3029	58.2725
2	16.1623	7.0161	1.7491	5.3567	1.0554	5.5711	-0.0035	0.8673	-2.0441	0.3595	0.2969	-1.229	0.7126	0.4225	-0.2934	0.4412	-0.0258	-0.0134	0.0728	0.032	0.4859	148.5732	180.23	62.3395
3	5.5533	0.4695	0.8704	4.8398	-0.2071	3.7182	-0.0242	-0.6802	0.2561	0.3256	-0.0599	0.0819	-0.0764	0.3018	0.0842	0.3557	-0.2342	0.0056	0.3516	0.1376	0.1011	159.3769	202.7262	87.1113
4	14.0892	4.4812	-0.7639	7.2341	-2.1956	6.3001	0.0136	-0.4119	-3.6741	-0.072	-0.0188	-0.5259	1.4639	0.1041	0.0052	0.7158	-0.2391	-0.0302	0.2628	0.143	1.3189	126.0867	164.5804	63.169
5	18.9509	9.4855	-2.7437	7.0985	1.5192	7.1988	-1.0601	1.8882	-1.5915	-0.7403	0.9448	-0.0471	0.4937	-0.8068	0.1153	0.5388	-0.3788	-0.0326	0.6686	-0.0391	0.7303	116.45	169.7867	53.719
6	15.0947	0.2313	-5.2063	6.3466	2.0485	7.5875	-0.1755	0.918	1.2403	0.6692	-0.475	0.351	-0.035	-1.2276	0.6505	0.6746	-0.129	0.0022	0.5094	0.1341	1.0051	88.9981	162.4057	73.1984
7	3.8337	-0.5246	-1.759	5.7232	-0.4843	10.0899	0.0612	-0.0964	0.3125	-0.2769	0.2241	-0.9622	0.6251	1.4396	-0.2852	0.2603	0.1308	0.0226	0.7454	-0.1397	0.4572	132.2784	128.116	45.4888
8	23.2556	-2.346	-6.1542	2.0104	-1.1771	12.0994	0.1546	-0.1999	1.6083	0.0848	0.6293	-0.6708	-1.0811	0.6563	-0.7839	0.39	-0.0425	0.0027	0.3617	-0.302	0.4853	124.954	140.0318	49.7576
9	4.6186	0.1945	-0.1701	4.4657	0.2656	3.3222	0.1266	-0.0591	-0.3933	0.3303	0.003	0.1258	0.0433	-0.0311	-0.1296	0.3905	0.1474	-0.0573	0.2956	0.0315	0.1247	105.5714	126.6392	73.869
10	12.0745	-5.6527	0.6998	9.2776	0.4478	6.3963	0.0673	-0.6667	2.4686	0.4746	0.8752	-3.0279	-0.8958	1.3563	-0.9425	0.6129	-0.1417	0.2012	1.6294	-0.4626	2.1526	150.1387	137.1609	45.3397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	78 - 174	4 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	175 - 186	101 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	381 - 413	307 - 339
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	187 - 380	113 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	79 - 174	5 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	175 - 186	101 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	381 - 411	307 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	187 - 380	113 - 306
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	77 - 174	3 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	175 - 186	101 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	381 - 409	307 - 335
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	187 - 380	113 - 306
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	90 - 103	16 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	113 - 120	39 - 46
15	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	126 - 131	52 - 57
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	151 - 154	77 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	168 - 186	94 - 112
18	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	395 - 409	321 - 335

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関連情報:EMDBヘッダ

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