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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sra | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A NOVEL EXTRACELLULAR CA2+-BINDING MODULE IN BM-40(SLASH)SPARC(SLASH)OSTEONECTIN | ||||||
要素 | SPARC | ||||||
キーワード | CALCIUM-BINDING PROTEIN / EXTRACELLULAR MATRIX PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Scavenging by Class H Receptors / platelet alpha granule membrane / platelet alpha granule / regulation of cell morphogenesis / extracellular matrix binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / basement membrane / ECM proteoglycans / Nuclear signaling by ERBB4 / endocytic vesicle lumen ...Scavenging by Class H Receptors / platelet alpha granule membrane / platelet alpha granule / regulation of cell morphogenesis / extracellular matrix binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / basement membrane / ECM proteoglycans / Nuclear signaling by ERBB4 / endocytic vesicle lumen / collagen binding / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / nuclear matrix / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hohenester, E. / Maurer, P. / Hohenadl, C. / Timpl, R. / Jansonius, J.N. / Engel, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure of a novel extracellular Ca(2+)-binding module in BM-40. 著者: Hohenester, E. / Maurer, P. / Hohenadl, C. / Timpl, R. / Jansonius, J.N. / Engel, J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The C-Terminal Portion of Bm-40 (Sparc(Slash)Osteonectin) is an Autonomously Folding and Crystallisable Domain that Binds Calcium and Collagen Iv 著者: Maurer, P. / Hohenadl, C. / Hohenester, E. / Gohring, W. / Timpl, R. / Engel, J. #2: ジャーナル: Faseb J. / 年: 1994 タイトル: The Biology of Sparc, a Protein that Modulates Cell-Matrix Interactions 著者: Lane, T.F. / Sage, E.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sra.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sra.ent.gz | 33.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sra.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sra_validation.pdf.gz | 363.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sra_full_validation.pdf.gz | 362.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sra_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sra_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sra | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 225 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17940.428 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOXY-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 136 - 286) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CRYSTALLIZED FROM 0.7 M K, NA-TARTRATE, PH 7.5 + 2 MM CACL2 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN BM-40 / 器官: KIDNEY / プラスミド: BLUESCRIPT, PCIS 細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS (293, ATCC CRL 1573) 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BM-40 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09486 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CA 303 IS A NONIDENTIF | 由来についての詳細 | MOLECULE_NAME: SPARC. FRAGMENT 136 - 286 PRODUCED BY PCR. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.02 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 15597 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 56738 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 冗長度: 3.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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