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- PDB-1sqw: Crystal structure of KD93, a novel protein expressed in the human pro -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqw
タイトルCrystal structure of KD93, a novel protein expressed in the human pro
要素Saccharomyces cerevisiae Nip7p homolog
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PUA
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #220 / PUA domain / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / : / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 PUA domain / NIP7/UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113, PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase ...Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #220 / PUA domain / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / : / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 PUA domain / NIP7/UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113, PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, J.F. / Wang, X.Q. / Wang, Z.X. / Chen, J.R. / Jiang, T. / An, X.M. / Chan, W.R. / Liang, D.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of KD93, a novel protein expressed in human hematopoietic stem/progenitor cells.
著者: Liu, J.F. / Wang, X.Q. / Wang, Z.X. / Chen, J.R. / Jiang, T. / An, X.M. / Chang, W.R. / Liang, D.C.
履歴
登録2004年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Saccharomyces cerevisiae Nip7p homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5631
ポリマ－21,5631
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.203, 57.203, 132.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Saccharomyces cerevisiae Nip7p homolog


分子量: 21562.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: novel protein expressed in human hematopoietic stem/progenitor cells
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: novel gene / プラスミド: pET-kd93 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y221
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 28% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 0.9793, 0.9799, 0.9712
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97991
30.97121
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17749 / % possible obs: 98.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→6 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.261 -
Rwork0.225 -
obs-15378
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.163 Å20 Å20 Å2
2--0.163 Å20 Å2
3----0.327 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 0 131 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010973
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41766
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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