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- PDB-1sql: Crystal structure of 7,8-dihydroneopterin aldolase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sql
タイトルCrystal structure of 7,8-dihydroneopterin aldolase in complex with guanine
要素dihydroneopterin aldolase
キーワードLYASE / tetrahydrofolate biosynthesis / aldolase classes / retroaldol reaction / purin binding / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / Dihydroneopterin aldolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bauer, S. / Schott, A.K. / Illarionova, V. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Biosynthesis of Tetrahydrofolate in Plants: Crystal Structure of 7,8-Dihydroneopterin Aldolase from Arabidopsis thaliana Reveals a Novel Adolase Class.
著者: Bauer, S. / Schott, A.K. / Illarionova, V. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
履歴
登録2004年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydroneopterin aldolase
B: dihydroneopterin aldolase
C: dihydroneopterin aldolase
D: dihydroneopterin aldolase
E: dihydroneopterin aldolase
F: dihydroneopterin aldolase
G: dihydroneopterin aldolase
H: dihydroneopterin aldolase
I: dihydroneopterin aldolase
J: dihydroneopterin aldolase
K: dihydroneopterin aldolase
L: dihydroneopterin aldolase
M: dihydroneopterin aldolase
N: dihydroneopterin aldolase
O: dihydroneopterin aldolase
P: dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,26032
ポリマ－260,84216
非ポリマー2,41816
水16,736929
1
A: dihydroneopterin aldolase
B: dihydroneopterin aldolase
C: dihydroneopterin aldolase
D: dihydroneopterin aldolase
E: dihydroneopterin aldolase
F: dihydroneopterin aldolase
G: dihydroneopterin aldolase
H: dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,63016
ポリマ－130,4218
非ポリマー1,2098
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24690 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area36420 Å2
手法PISA
2
I: dihydroneopterin aldolase
J: dihydroneopterin aldolase
K: dihydroneopterin aldolase
L: dihydroneopterin aldolase
M: dihydroneopterin aldolase
N: dihydroneopterin aldolase
O: dihydroneopterin aldolase
P: dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,63016
ポリマ－130,4218
非ポリマー1,2098
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24630 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area36770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.55, 84.22, 89.05
Angle α, β, γ (deg.)90.14, 89.99, 76.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
dihydroneopterin aldolase


分子量: 16302.626 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q9SF23
#2: 化合物
ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Tris, PEG 2000 MME, C-HEGA-11, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月17日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 86882 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.03

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DHN

1dhn


解像度: 2.2→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.26 3837
Rwork0.204 -
obs-82949
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15295 0 176 929 16400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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