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- PDB-1spb: SUBTILISIN BPN' PROSEGMENT (77 RESIDUES) COMPLEXED WITH A MUTANT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1spb
タイトルSUBTILISIN BPN' PROSEGMENT (77 RESIDUES) COMPLEXED WITH A MUTANT SUBTILISIN BPN' (266 RESIDUES). CRYSTAL PH 4.6. CRYSTALLIZATION TEMPERATURE 20 C DIFFRACTION TEMPERATURE-160 C
要素
  • SUBTILISIN BPN'
  • SUBTILISIN BPN' PROSEGMENT
キーワードCOMPLEX (SERINE PROTEINASE/PROSEGMENT) / PROPEPTIDE / FOLDASE / FOLDING CATALYST / ACTIVATION DOMAIN / COMPLEX (SERINE PROTEINASE-PROSEGMENT) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / : / Fervidolysin N-terminal prodomain / Peptidase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. ...Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / : / Fervidolysin N-terminal prodomain / Peptidase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / : / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Gilliland, G.L. / Wang, L. / Bryan, P.N.
引用ジャーナル: Structure / : 1995
タイトル: The prosegment-subtilisin BPN' complex: crystal structure of a specific 'foldase'.
著者: Gallagher, T. / Gilliland, G. / Wang, L. / Bryan, P.
履歴
登録1995年6月21日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: SUBTILISIN BPN' PROSEGMENT
S: SUBTILISIN BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1673
ポリマ-35,1442
非ポリマー231
4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.100, 77.850, 57.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO S 168
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11S-387-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUBTILISIN BPN' PROSEGMENT / SUBTILISIN BPN' PROPEPTIDE


分子量: 8523.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00782
#2: タンパク質 SUBTILISIN BPN'


分子量: 26620.510 Da / 分子数: 1
Mutation: D32N, K43N, M50F, A73L, DEL(75-83), Q206V, Y217K, N218S, S221A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00782, subtilisin
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulphate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 1994年6月21日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 17956 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 4.25 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.204 17179
原子変位パラメータBiso mean: 11.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 1 250 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0480.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9591
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.051
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.5251.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.430.25
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.3470.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1790.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2150.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.53
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor33.620
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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