PDB-1soq: Crystal structure of the transthyretin mutant A108Y/L110E solved ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1soq

タイトル

Crystal structure of the transthyretin mutant A108Y/L110E solved in space group C2

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / GREEK KEY BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004
タイトル: The beta-strand D of transthyretin trapped in two discrete conformations
著者: Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2004年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1soq.cif.gz	103.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1soq.ent.gz	81.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1soq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1soq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1soq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sokSC 1f41 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tfb-1 4hju-1 1etb-2 5boj-1 3cfm-1 5clx-1 3cn2-1 5fw8-2 3esn-1 3neo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

C: Transthyretin

D: Transthyretin

55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

A: Transthyretin

B: Transthyretin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transthyretin

D: Transthyretin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Transthyretin

D: Transthyretin

C: Transthyretin

D: Transthyretin

ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.287, 67.524, 80.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13885.413 Da / 分子数: 4 / 変異: A108Y, L110E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 6 詳細: Tris, PEG550MME, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 29735 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SOK

1sok

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 8.065 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.201

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1423	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.212	28177	-	-
all	-	29735	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3602	0	0	157	3759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.933	5141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.755	3	7603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.544	3	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.824	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.3	593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.3	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.033	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.3	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.182	0.3	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.736	1.5	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.364	2	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.721	3	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.856	4.5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.316	109
R_work	0.266	1898

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8783	-0.1904	-0.7625	2.0925	0.4668	1.2645	0.0161	-0.0438	-0.1105	0.2367	-0.0812	-0.2963	0.128	0.0437	0.0651	0.0285	0.0142	-0.0563	0.1709	0.0385	0.1385	60.0456	1.9984	4.2499
2	1.0635	-0.1821	0.295	1.0871	-0.5139	1.4142	0.072	0.0507	0.3284	0.0547	-0.1171	0.2318	-0.1335	0.0287	0.0451	0.0166	0.0363	0.0058	0.186	-0.0131	0.2464	40.6711	27.3233	-1.3052
3	2.7064	0.7173	-0.3759	0.4668	-0.4647	1.264	-0.089	-0.1067	0.2278	0.0358	0.0677	-0.0897	-0.1256	0.0588	0.0212	0.0777	-0.0312	-0.04	0.1693	-0.0475	0.1229	46.8678	29.3885	42.7744
4	1.8131	-0.1293	1.0346	0.4296	-0.4703	2.4377	0.2456	0.1176	-0.4439	0.0563	0.0946	-0.0527	0.0807	0.2108	-0.3401	0.0428	0.0343	-0.091	0.1613	-0.0584	0.2124	47.5836	9.4366	39.9027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 125	10 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	10 - 124	10 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	10 - 125	10 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	10 - 124	10 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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