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- PDB-1soq: Crystal structure of the transthyretin mutant A108Y/L110E solved ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1soq
タイトルCrystal structure of the transthyretin mutant A108Y/L110E solved in space group C2
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GREEK KEY BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004
タイトル: The beta-strand D of transthyretin trapped in two discrete conformations
著者: Hornberg, A. / Olofsson, A. / Eneqvist, T. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2004年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5424
ポリマ－55,5424
非ポリマー00
水2,828157
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin

A: Transthyretin
B: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5424
ポリマ－55,5424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA, PQS
2
C: Transthyretin
D: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7712
ポリマ－27,7712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
3
C: Transthyretin
D: Transthyretin

C: Transthyretin
D: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5424
ポリマ－55,5424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.287, 67.524, 80.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR


分子量: 13885.413 Da / 分子数: 4 / 変異: A108Y, L110E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6
詳細: Tris, PEG550MME, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 29735 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SOK

1sok


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.065 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.201
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1423 5.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 28177 --
all-29735 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3602 0 0 157 3759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9335141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75537603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5443478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82415618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.3593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.33004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.5286
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0330.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1820.389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.52338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36423822
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72131410
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8564.51319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 109
Rwork0.266 1898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8783-0.1904-0.76252.09250.46681.26450.0161-0.0438-0.11050.2367-0.0812-0.29630.1280.04370.06510.02850.0142-0.05630.17090.03850.138560.04561.99844.2499
21.0635-0.18210.2951.0871-0.51391.41420.0720.05070.32840.0547-0.11710.2318-0.13350.02870.04510.01660.03630.00580.186-0.01310.246440.671127.3233-1.3052
32.70640.7173-0.37590.4668-0.46471.264-0.089-0.10670.22780.03580.0677-0.0897-0.12560.05880.02120.0777-0.0312-0.040.1693-0.04750.122946.867829.388542.7744
41.8131-0.12931.03460.4296-0.47032.43770.24560.1176-0.44390.05630.0946-0.05270.08070.2108-0.34010.04280.0343-0.0910.1613-0.05840.212447.58369.436639.9027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA10 - 12510 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2BB10 - 12410 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3CC10 - 12510 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4DD10 - 12410 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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