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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1soh | ||||||
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タイトル | The structure of human apolipoprotein C-II in dodecyl phosphocholine | ||||||
![]() | Apolipoprotein C-II | ||||||
![]() | LIPID TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of phospholipid catabolic process / triglyceride-rich lipoprotein particle remodeling / positive regulation of triglyceride catabolic process / chylomicron remodeling / lipoprotein lipase activator activity / lipase inhibitor activity / negative regulation of cholesterol transport / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / spherical high-density lipoprotein particle ...positive regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of phospholipid catabolic process / triglyceride-rich lipoprotein particle remodeling / positive regulation of triglyceride catabolic process / chylomicron remodeling / lipoprotein lipase activator activity / lipase inhibitor activity / negative regulation of cholesterol transport / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipoprotein lipase activity / intermediate-density lipoprotein particle / chylomicron remnant clearance / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / very-low-density lipoprotein particle remodeling / Chylomicron remodeling / Chylomicron assembly / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / phospholipid efflux / positive regulation of phospholipase activity / very-low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / triglyceride homeostasis / HDL remodeling / cholesterol efflux / phospholipase activator activity / phospholipase binding / lipid catabolic process / Retinoid metabolism and transport / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / molecular function activator activity / cholesterol homeostasis / early endosome / lipid binding / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / Torsion angle simulated annealing with final Cartesian refinement stage | ||||||
![]() | MacRaild, C.A. / Howlett, G.J. / Gooley, P.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure and interactions of human apolipoprotein C-II in dodecyl phosphocholine 著者: MacRaild, C.A. / Howlett, G.J. / Gooley, P.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 375.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 347.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 470.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8921.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.8 mM U-15N apoC-II,85 mM DPC, 20 mM sodium acetate, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Torsion angle simulated annealing with final Cartesian refinement stage ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: Structures with minimal restraint violations and favourable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18 |