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- PDB-1soh: The structure of human apolipoprotein C-II in dodecyl phosphocholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1soh
タイトルThe structure of human apolipoprotein C-II in dodecyl phosphocholine
要素Apolipoprotein C-II
キーワードLIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / triglyceride-rich lipoprotein particle remodeling / positive regulation of phospholipid catabolic process / positive regulation of triglyceride catabolic process / negative regulation of cholesterol transport / lipase inhibitor activity / lipoprotein lipase activator activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / chylomicron remodeling / spherical high-density lipoprotein particle ...positive regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / triglyceride-rich lipoprotein particle remodeling / positive regulation of phospholipid catabolic process / positive regulation of triglyceride catabolic process / negative regulation of cholesterol transport / lipase inhibitor activity / lipoprotein lipase activator activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / chylomicron remodeling / spherical high-density lipoprotein particle / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / negative regulation of lipid metabolic process / chylomicron remnant clearance / intermediate-density lipoprotein particle / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / very-low-density lipoprotein particle remodeling / Chylomicron remodeling / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / lipoprotein catabolic process / reverse cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / HDL remodeling / cholesterol efflux / triglyceride homeostasis / phospholipase activator activity / Retinoid metabolism and transport / phospholipase binding / lipid catabolic process / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / molecular function activator activity / cholesterol homeostasis / early endosome / lipid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein Cii; Chain: A; / Apolipoprotein C-II / Apolipoprotein C-II / ApoC-II domain superfamily / Apolipoprotein C-II / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein C-II
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Torsion angle simulated annealing with final Cartesian refinement stage
データ登録者MacRaild, C.A. / Howlett, G.J. / Gooley, P.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The structure and interactions of human apolipoprotein C-II in dodecyl phosphocholine
著者: MacRaild, C.A. / Howlett, G.J. / Gooley, P.R.
履歴
登録2004年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein C-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9221
ポリマ－8,9221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 100Structures with minimal restraint violations and favourable non-bond energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein C-II / Apo-CII / ApoC-II / APC2


分子量: 8921.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02655

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 15N-separated TOCSY
131HNHA
141HNHB

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試料調製

詳細内容: 1.8 mM U-15N apoC-II,85 mM DPC, 20 mM sodium acetate, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, F.解析
XEASY1.2Bartels, C.データ解析
CNS1Brunger, A.構造決定
CNS1Brunger, A.精密化
精密化手法: Torsion angle simulated annealing with final Cartesian refinement stage
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Structures with minimal restraint violations and favourable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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