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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1snb | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF SCORPION NEUROTOXIN BMK M8 | ||||||
![]() | NEUROTOXIN BMK M8 | ||||||
![]() | NEUROTOXIN / SODIUM CHANNEL INHIBITOR / SCORPION | ||||||
機能・相同性 | ![]() sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, D.C. / Zeng, Z.H. / Li, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of an acidic neurotoxin from scorpion Buthus martensii Karsch at 1.85 A resolution. 著者: Li, H.M. / Wang, D.C. / Zeng, Z.H. / Jin, L. / Hu, R.Q. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Toxin II from the Scorpion Androctonus Australis Hector Refined at 1.3 A Resolution 著者: Housset, D. / Habersetzer-Rochat, C. / Astier, J.P. / Fontecilla-Camps, J.C. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Studies on an Acidic Toxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch 著者: Jin, L. / Wang, M. / Zeng, Z.H. / Hu, R.Q. / Wang, D.C. #3: ![]() タイトル: Structure of Scorpion Toxin Variant-3 at 1.2 A Resolution 著者: Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E. #4: ![]() タイトル: Purification and Partial Characterization of Several New Neurotoxins from East-Asia Scorpion [Chinese] 著者: Hu, R.Q. / Wang, M. / Liu, J.N. / Lei, K.J. #5: ![]() タイトル: Structure of Variant-3 Scorpion Neurotoxin from Centruroides Sculpturatus Ewing, Refined at 1.8 A Resolution 著者: Almassy, R.J. / Fontecilla-Camps, J.C. / Suddath, F.L. / Bugg, C.E. #6: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of a Protein from Scorpion Venom. A New Structural Class of Neurotoxins 著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Almassy, R.J. / Suddath, F.L. / Watt, D.D. / Bugg, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6954.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.55 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年12月14日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 3802 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0523 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 1.15 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 4.59 / % possible all: 17.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 6130 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: AAH II 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10 /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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