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万見
- PDB-1sn4: STRUCTURE OF SCORPION NEUROTOXIN BMK M4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sn4
タイトルSTRUCTURE OF SCORPION NEUROTOXIN BMK M4
要素PROTEIN (NEUROTOXIN BMK M4)
キーワードTOXIN / NEUROTOXIN / SODIUM CHANNEL INHIBITOR / SCORPION
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Neurotoxin BmK-M9 / Alpha-like toxin BmK-M4
類似検索 - 構成要素
生物種Mesobuthus martensii (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者He, X.L. / Li, H.M. / Liu, X.Q. / Zeng, Z.H. / Wang, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of two alpha-like scorpion toxins: non-proline cis peptide bonds and implications for new binding site selectivity on the sodium channel.
著者: He, X.L. / Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Liu, X.Q. / Wang, M. / Wang, D.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Toxin II from the Scorpion Androctonus Australis Hector Refined at 1.3 A Resolution
著者: Housset, D. / Habersetzer-Rochat, C. / Astier, J.P. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: Zool.Res.Sinica. / 年: 1989
タイトル: Purification and Partial Characterization of Several New Neurotoxins from East_ Asia Scorpion Crystallographic Studies on an Acidic Toxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch
著者: Hu, R.Q. / Wang, M. / LIU, J.N. / LEI, K.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of Scorpion Toxin Variant-3 at 1.2 A Resolution
著者: Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E.
#4: ジャーナル: Toxicon / 年: 1997
タイトル: Purification and Sequence Determination of a New Neutral Mammalian Neurotoxin from the Scorpion Buthus Martensii Karsch
著者: Luo, M.J. / Xiong, Y.M. / Wang, M. / Wang, D.C. / Chi, C.W.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of an Acidic Neurotoxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch at 1.85A Resolution
著者: Li, H.M. / Wang, D.C. / Jin, L. / ZENG, Z.H. / Hu, R.Q.
履歴
登録1998年11月11日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEUROTOXIN BMK M4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3256
ポリマ－7,0301
非ポリマー2955
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.880, 54.880, 33.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEUROTOXIN BMK M4) / BMK-IV


分子量: 7029.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 器官: TAIL / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P45698, UniProt: P58328*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.001 Macetic acid1drop
34.8 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→21.3 Å / Num. obs: 10577 / % possible obs: 73.5 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 51.2
反射
*PLUS
Num. obs: 10578 / Num. measured all: 23268
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
WEISデータスケーリング
WEISデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BMK M1

解像度: 1.3→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 998 10 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.166 10577 73.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数492 0 20 117 629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.732
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.38
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.065
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 72 10.8 %
Rwork0.299 662 -
obs--51.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.065
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 10.8 % / Rfactor Rwork: 0.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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