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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sn1 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF SCORPION NEUROTOXIN BMK M1 | ||||||
![]() | PROTEIN (NEUROTOXIN BMK M1) | ||||||
![]() | TOXIN / NEUROTOXIN / SODIUM CHANNEL INHIBITOR / SCORPION | ||||||
機能・相同性 | ![]() sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | He, X.L. / Li, H.M. / Liu, X.Q. / Zeng, Z.H. / Wang, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of two alpha-like scorpion toxins: non-proline cis peptide bonds and implications for new binding site selectivity on the sodium channel. 著者: He, X.L. / Li, H.M. / Zeng, Z.H. / Liu, X.Q. / Wang, M. / Wang, D.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of an Acidic Neurotoxin from Scorpion Buthus Martensii Karsch at 1.85 A Resolution 著者: Li, H.M. / Wang, D.C. / Zeng, Z.H. / Jin, L. / Hu, R.Q. #2: ![]() タイトル: Two Neurotoxins (Bmk I and Bmk II) from the Venom of the Scorpion Buthus Martensii Karsch-Purification, Amino Acid Sequence and Assessment of Specific Activity 著者: Ji, Y.H. / Mansuelle, P. / Terakawa, S. / Kopeyan, C. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of Toxin II from the Scorpion Androctonus Australis Hector Refined at 1.3 A Resolution 著者: Housset, D. / Habersetzer-Rochat, C. / Astier, J.P. / Fontecilla-Camps, J.C. #4: ![]() タイトル: Structure of Scorpion Toxin Variant-3 at 1.2 A Resolution 著者: Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E. #5: ![]() タイトル: Purification and Partial Characterization of Several New Neurotoxins from East- Asia Scorpion [Chinese] 著者: Hu, R.Q. / Wang, M. / Liu, J.N. / Lei, K.J. #6: ![]() タイトル: Structure of Variant-3 Scorpion Neurotoxin from Centruroides Sculpturatus Ewing, Refined at 1.8 A Resolution 著者: Almassy, R.J. / Fontecilla-Camps, J.C. / Suddath, F.L. / Bugg, C.E. #7: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of a Protein from Scorpion Venom. A New Structural Class of Neurotoxins 著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Almassy, R.J. / Suddath, F.L. / Watt, D.D. / Bugg, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 364.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7235.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 57.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS X200B / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→29.3 Å / Num. obs: 8360 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / % possible all: 60.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 20330 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BMK M8 解像度: 1.7→100 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1.0E-5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→100 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.72→1.78 Å / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.336 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.269 |