PDB-1sn0: Crystal Structure Of Sea Bream Transthyretin in complex with thyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sn0

タイトル

Crystal Structure Of Sea Bream Transthyretin in complex with thyroxine At 1.9A Resolution

要素

transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / hormone activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sparus aurata (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Santos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: High resolution crystal structures of piscine transthyretin reveal different binding modes for triiodothyronine and thyroxine.
著者: Eneqvist, T. / Lundberg, E. / Karlsson, A. / Huang, S. / Santos, C.R. / Power, D.M. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2004年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Data collection
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sn0.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sn0.ent.gz	83.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sn0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sn0_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	1sn0_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	1sn0_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sn2C 1sn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sn5-d 4ik7-1 6gnm-d 4hiq-1 3djr-1 3kgt-1 4tlt-1 1e3f-1 4tm9-1 4mrb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: transthyretin

B: transthyretin

C: transthyretin

D: transthyretin

ヘテロ分子

57.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.455, 58.455, 140.116
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	transthyretin 分子量: 14027.579 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sparus aurata (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTT3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン分子量: 776.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁I₄NO₄ / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 1550 MME, sodium citrate, ammonium sulphate, nickel sulphate. Crystals were soaked in thyroxine, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 35460 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.446 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.271 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2163	3336	9.9 %	RANDOM
R_work	0.17928	-	-	-
all	0.1829	30446	-	-
obs	0.1829	30446	95.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3529	0	53	344	3926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.939	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.755	3	7471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.038	3	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.298	15	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.3	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.218	0.3	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.069	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.053	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.333	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.722	1.5	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.348	2	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.636	3	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.71	4.5	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.287	216
R_work	0.244	1853

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3655	-0.0557	0.256	0.4429	0.2613	0.8747	-0.0113	-0.0063	0.0645	-0.0466	0.0318	-0.0829	0.0172	0.0278	-0.0205	0.1559	0.0026	0.0075	0.1329	-0.0035	0.1302	-47.6469	-11.5538	-18.7611
2	0.445	-0.1237	0.2064	0.4976	-0.1855	0.8245	0.0014	0.0183	0.0475	0.0501	0.0389	0.0658	0.0225	-0.0316	-0.0403	0.157	-0.0098	0.0085	0.1297	0.008	0.125	-67.8519	-12.1129	-17.2704
3	0.669	-0.1684	-0.1005	1.8876	0.2961	0.6393	0.0125	-0.0019	-0.0238	-0.0388	0.0442	-0.1697	0.0547	0.0403	-0.0566	0.1899	0.0127	-0.0306	0.1016	-0.0106	0.1116	-46.6574	-36.7739	-16.3906
4	0.4446	0.2064	-0.2101	1.7809	-0.3027	0.5975	0.0382	0.048	-0.0564	0.024	0.0056	0.2067	-0.0028	0.0062	-0.0438	0.1683	-0.0058	-0.0296	0.0906	-0.0022	0.1437	-66.5045	-37.7866	-20.243
5	-27.5166	0.3871	-1.5076	3.4827	0.4482	-0.7774	0.3372	0.2076	-0.0816	0.2016	-0.1428	-0.0576	0.1235	0.0521	-0.1944	0.4282	0.0188	-0.0199	0.0695	0.029	0.0139	-57.1844	-24.591	-17.5913
6	-454.8938	-228.4743	-287.6143	317.4206	221.1378	-62.3421	-1.2248	3.5127	-0.7365	-3.1583	-1.2819	2.4797	-4.563	-4.8716	2.5067	0.0274	-0.0169	-0.0373	0.3879	-0.0656	0.216	-38.0228	-18.3578	-4.1454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	11 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	601
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	602
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	701

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