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万見
- PDB-1smh: Protein kinase A variant complex with completely ordered N-termin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1smh
タイトルProtein kinase A variant complex with completely ordered N-terminal helix
要素
  • cAMP-Dependent Protein Kinase, alpha-catalytic subunit
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / PKA / Protein Kinase A / cAMP-dependent protein kinase / phosphorylation / Ser10 / myristoylation / posttranslational modification / signaling / membrane / alpha helix / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / Mitochondrial protein degradation / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / protein kinase A regulatory subunit binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / molecular adaptor activity / protein phosphorylation / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / N-OCTANOYL-N-METHYLGLUCAMINE / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.044 Å
データ登録者Breitenlechner, C. / Engh, R.A. / Huber, R. / Kinzel, V. / Bossemeyer, D. / Gassel, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The Typically Disordered N-Terminus of PKA Can Fold as a Helix and Project the Myristoylation Site into Solution
著者: Breitenlechner, C. / Engh, R.A. / Huber, R. / Kinzel, V. / Bossemeyer, D. / Gassel, M.
履歴
登録2004年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-Dependent Protein Kinase, alpha-catalytic subunit
B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7529
ポリマ－42,8902
非ポリマー8627
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.780, 79.431, 117.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-Dependent Protein Kinase, alpha-catalytic subunit / E.C.2.7.1.37 / PKA C-alpha


分子量: 40663.371 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Subunit / 変異: Q84E, V123A, L173M, F187L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform / protein kinase inhibitor alpha


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-24 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis. This sequence occurs naturally in humans
参照: UniProt: P04541, UniProt: P61926*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-MG8 / N-OCTANOYL-N-METHYLGLUCAMINE / MEGA 8 / N-(D-GLUCITYL)-N-METHYLOCTANAMIDE


分子量: 321.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H31NO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: LiCl, MesBisTris, methanol, MEGA-8, (R,R)-2,3-butanediol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月20日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.044→39.7 Å / Num. all: 29754 / Num. obs: 29113 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.044→2.1 Å / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.044→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.39 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23789 1485 5.1 %RANDOM
Rwork0.18818 ---
all0.19076 28175 --
obs0.19076 27623 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.044→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 46 175 3230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9764287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83536630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9365368
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.23243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8511.51840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55922958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15831343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5374.51329
LS精密化 シェル解像度: 2.044→2.097 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.266 83
Rwork0.24 1788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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