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万見
- PDB-1sko: MP1-p14 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sko
タイトルMP1-p14 Complex
要素
  • Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein
  • Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAP kinase pathway / MP1-p14 complex / scaffold proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / MTOR signalling / Regulation of PTEN gene transcription / Macroautophagy / Amino acids regulate mTORC1 / regulation of cell-substrate junction organization / TP53 Regulates Metabolic Genes / mTORC1-mediated signalling / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex ...Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / MTOR signalling / Regulation of PTEN gene transcription / Macroautophagy / Amino acids regulate mTORC1 / regulation of cell-substrate junction organization / TP53 Regulates Metabolic Genes / mTORC1-mediated signalling / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / MAP2K and MAPK activation / protein localization to cell junction / TORC1 signaling / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / kinase activator activity / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / positive regulation of TOR signaling / specific granule membrane / positive regulation of TORC1 signaling / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / MAP2K and MAPK activation / protein localization / late endosome / late endosome membrane / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ragulator complex protein LAMTOR3 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR2 / Ragulator complex protein LAMTOR3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lunin, V.V. / Munger, C. / Wagner, J. / Ye, Z. / Cygler, M. / Sacher, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The structure of the MAP kinase scaffold MP1 bound to its partner p14: a complex with a critical role in endosomal MAP kinase signaling
著者: Lunin, V.V. / Munger, C. / Wagner, J. / Ye, Z. / Cygler, M. / Sacher, M.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1
B: Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1452
ポリマ－30,1452
非ポリマー00
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.974, 64.193, 73.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1 / MEK binding partner 1 / Mp1 / PRO2783


分子量: 15913.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1IP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UHA4
#2: タンパク質 Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein / p14


分子量: 14232.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MAPBPIP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JHS3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 14% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C11.1
シンクロトロンNSLS X8C20.979267, 0.979553, 0.964318
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年11月22日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年11月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9792671
30.9795531
40.9643181
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 16750 / Num. obs: 16750 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 4.743 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27087 854 5.1 %RANDOM
Rwork0.20106 ---
all0.20472 16750 --
obs0.20472 15937 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 0 230 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9231.9742478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4665233
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2870.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1911.51166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1221866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0863664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.724.5612
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 49
Rwork0.223 1145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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