PDB-1sjx: Three-Dimensional Structure of a Llama VHH Domain OE7 binding the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sjx

タイトル

Three-Dimensional Structure of a Llama VHH Domain OE7 binding the cell wall protein Malf1

要素

immunoglobulin VH domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Camelids antibody / heavy chain / dandruff / phage display

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Dolk, E. / van der Vaart, M. / Hulsik, D.L. / Vriend, G. / de Haard, H. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Frenken, L. / Verrips, T.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2005
タイトル: Isolation of llama antibody fragments for prevention of dandruff by phage display in shampoo.
著者: Dolk, E. / van der Vaart, M. / Hulsik, D.L. / Vriend, G. / de Haard, H. / Spinelli, S. / Cambillau, C. / Frenken, L. / Verrips, T.

履歴

登録	2004年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The sequence of the protein was not deposited into any sequence database.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sjx.cif.gz	39.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sjx.ent.gz	26.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sjx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sjx_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sjx_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	1sjx_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1sjx_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/1sjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/1sjx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hcvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ggz-1 1qfp-d 3bd5-1 6dbd-3 4ggz-3 4ggz-2 4w2p-3 5hdo-3 5u65-2 5xp1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: immunoglobulin VH domain

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.40, 71.40, 74.84
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: 抗体	immunoglobulin VH domain 分子量: 13214.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 解説: Protein selected by phage display / Cell: lymphocytes / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 10% PEG 6K, 100mM Hepes, 5% MPD, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9326 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→24 Å / Num. obs: 11594 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3.5 / Observed criterion σ(I): 3.5 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1637 / R_sym value: 0.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1HCV

1hcv

解像度: 2.2→24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.613 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20644	804	7 %	RANDOM
R_work	0.19054	-	-	-
all	0.2	10773	-	-
obs	0.19163	10763	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.713 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	900	0	16	86	1002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	929
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.28	1.949	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.508	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.536	1.5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.049	2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.56	3	348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.561	4.5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.234	50
R_work	0.234	782

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.283 Å / Origin y: 49.94 Å / Origin z: 5.464 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0713 Å²	-0.0425 Å²	-0.0115 Å²	-	0.0298 Å²	-0.0134 Å²	-	-	0.0922 Å²
L	0.9916 °²	0.3846 °²	0.5605 °²	-	5.4586 °²	0.3317 °²	-	-	1.5962 °²
S	-0.0387 Å °	0.0877 Å °	-0.0658 Å °	-0.2648 Å °	0.1868 Å °	-0.036 Å °	0.0915 Å °	-0.0609 Å °	-0.1481 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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