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万見
- PDB-1sjv: Three-Dimensional Structure of a Llama VHH Domain Swapping -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sjv
タイトルThree-Dimensional Structure of a Llama VHH Domain Swapping
要素r9
キーワードANTIBIOTIC / Camelids antibody / domain swapping / heavy chain antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Spinelli, S. / Desmyter, A. / Frenken, L. / Verrips, T. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Domain swapping of a llama VHH domain builds a crystal-wide beta-sheet structure.
著者: Spinelli, S. / Desmyter, A. / Frenken, L. / Verrips, T. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
履歴
登録2004年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: r9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6401
ポリマ－12,6401
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: r9

A: r9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2802
ポリマ－25,2802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_554-x+1/4,z+3/4,y-3/41
Buried area3460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.3, 124.3, 124.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-138-

HOH

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要素

#1: 抗体 r9


分子量: 12640.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: llama VHH single domain antibody / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): VWK18 / 参照: GenBank: 4165546
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 26-28% PEG 600, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.067 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→30 Å / Num. obs: 12491 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→15 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 974 -random
Rwork0.206 ---
all0.207 11053 --
obs0.206 11053 98.34 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数796 0 0 59 855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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