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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sjs | ||||||
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タイトル | ACCESS TO PHOSPHORYLATION IN ISOCITRATE DEHYDROGENASE MAY OCCUR BY DOMAIN SHIFTING | ||||||
![]() | ISOCITRATE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / I OXIDOREDUCTASE / NAD(A) - CHOH(D) / PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / guanosine tetraphosphate binding / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / NAD binding / response to oxidative stress / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Access to phosphorylation in isocitrate dehydrogenase may occur by domain shifting. 著者: Finer-Moore, J. / Tsutakawa, S.E. / Cherbavaz, D.R. / LaPorte, D.C. / Koshland Jr., D.E. / Stroud, R.M. #1: ![]() タイトル: Regulation of Isocitrate Dehydrogenase by Phosphorylation Involves No Long-Range Conformational Change in the Free Enzyme 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Thorsness, P.E. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #2: ![]() タイトル: Regulation of an Enzyme by Phosphorylation at the Active Site 著者: Hurley, J.H. / Dean, A.M. / Sohl, J.L. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. #3: ![]() タイトル: Structure of a Bacterial Enzyme Regulated by Phosphorylation, Isocitrate Dehydrogenase 著者: Hurley, J.H. / Thorsness, P.E. / Ramalingam, V. / Helmers, N.H. / Koshland Junior, D.E. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 361.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 364.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45809.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.08 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 13757 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 | *PLUS Num. obs: 13753 / Num. measured all: 37773 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.42→7 Å / σ(F): 0 詳細: CHARMM FORCE FIELD THR 104 - ARG 112 ARE POORLY DEFINED IN ELECTRON DENSITY MAPS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.42→7 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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