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- PDB-1sjp: Mycobacterium tuberculosis Chaperonin60.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sjp
タイトルMycobacterium tuberculosis Chaperonin60.2
要素60 kDa chaperonin 2
キーワードCHAPERONE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


capsule / adhesion of symbiont to host / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / : / host cell mitochondrion / isomerase activity / : / peptidoglycan-based cell wall / ATP-dependent protein folding chaperone ...capsule / adhesion of symbiont to host / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / : / host cell mitochondrion / isomerase activity / : / peptidoglycan-based cell wall / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / response to hypoxia / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperonin GroEL 2 / Chaperonin GroEL 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Qamra, R. / Mande, S.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the 65-Kilodalton Heat Shock Protein, Chaperonin 60.2, of Mycobacterium tuberculosis
著者: Qamra, R. / Mande, S.C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Mycobacterium tuberculosis GroEL homologues unusually exist as lower oligomers and retain the ability to suppress aggregation of substrate proteins
著者: Qamra, R. / Srinivas, V. / Mande, S.C.
履歴
登録2004年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin 2
B: 60 kDa chaperonin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0982
ポリマ－106,0982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.674, 113.825, 79.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.585, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 60 kDa chaperonin 2 / Chaperonin60


分子量: 53048.992 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 42-539 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0440 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A520, UniProt: P9WPE7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 17915 / Num. obs: 17489 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.99 % / Biso Wilson estimate: 88.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1705 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KP8.pdb

1kp8


解像度: 3.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 20.611 / SU ML: 0.375 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.59 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2849 870 5.1 %RANDOM
Rwork0.24142 ---
all0.2436 17205 --
obs0.24359 16335 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.007 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å2-1.73 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6595 0 0 0 6595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0031.9938981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0175888
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.23583
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.93734392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.47567016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.755102253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.4201965
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 70
Rwork0.273 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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