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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sj1 | ||||||
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タイトル | The 1.5 A Resolution Crystal Structure of [Fe3S4]-Ferredoxin from the hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus | ||||||
要素 | Ferredoxin | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / thermostability / iron-sulfur cluster / hexammine cobalt(III) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nielsen, M.S. / Harris, P. / Ooi, B.L. / Christensen, H.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: The 1.5 A Resolution Crystal Structure of [Fe3S4]-Ferredoxin from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus 著者: Nielsen, M.S. / Harris, P. / Ooi, B.L. / Christensen, H.E.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sj1.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sj1.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sj1_validation.pdf.gz | 470.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sj1_full_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sj1_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sj1_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/1sj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/1sj1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7171.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: FDXA, PF1909 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29603 #2: 化合物 | ChemComp-NCO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 400, hexammine cobalt(III)chloride, Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月2日 |
放射 | モノクロメーター: Silicium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→34.6 Å / Num. obs: 21276 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→50.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.634 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
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