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- PDB-1sj0: Human Estrogen Receptor Alpha Ligand-binding Domain in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sj0
タイトルHuman Estrogen Receptor Alpha Ligand-binding Domain in Complex with the Antagonist Ligand 4-D
要素Estrogen receptor
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / ER-ALPHA / ANTAGONIST / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / negative regulation of miRNA transcription / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TBP-class protein binding / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / positive regulation of fibroblast proliferation / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / male gonad development / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / regulation of inflammatory response / response to estradiol / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E4D / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, S. / Wu, J.Y. / Birzin, E.T. / Chan, W. / Pai, L.Y. / Yang, Y.T. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / DiNinno, F. ...Kim, S. / Wu, J.Y. / Birzin, E.T. / Chan, W. / Pai, L.Y. / Yang, Y.T. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / DiNinno, F. / Rohrer, S.P. / Schaeffer, J.M. / Hammond, M.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Estrogen Receptor Ligands. II. Discovery of Benzoxathiins as Potent, Selective Estrogen Receptor alpha Modulators.
著者: Kim, S. / Wu, J.Y. / Birzin, E.T. / Frisch, K. / Chan, W. / Pai, L.Y. / Yang, Y.T. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / Dahllund, J. / Thorsell, A.G. / DiNinno, F. / Rohrer, S.P. ...著者: Kim, S. / Wu, J.Y. / Birzin, E.T. / Frisch, K. / Chan, W. / Pai, L.Y. / Yang, Y.T. / Mosley, R.T. / Fitzgerald, P.M. / Sharma, N. / Dahllund, J. / Thorsell, A.G. / DiNinno, F. / Rohrer, S.P. / Schaeffer, J.M. / Hammond, M.L.
履歴
登録2004年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7802
ポリマ－28,3161
非ポリマー4641
水2,738152
1
A: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5604
ポリマ－56,6332
非ポリマー9272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area5050 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.480, 58.480, 276.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

HOH

21A-1002-

HOH

31A-1049-

HOH

41A-1099-

HOH

51A-1102-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 28316.324 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, NR3A1, ESR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-E4D / (2S,3R)-2-(4-(2-(PIPERIDIN-1-YL)ETHOXY)PHENYL)-2,3-DIHYDRO-3-(4-HYDROXYPHENYL)BENZO[B][1,4]OXATHIIN-6-OL / COMPOUND 4-D


分子量: 463.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 2-10% PEG 3350, 0.02-0.20 MMGCL2, PH 7.1 Imidazole , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→99.9 Å / Num. obs: 19370 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.228 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 39.983
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 2.32 % / Rmerge(I) obs: 0.3558 / Mean I/σ(I) obs: 3.042 / Rsym value: 0.3558 / % possible all: 54.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
SHELXL97-1精密化
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.9→10 Å / Num. parameters: 8469 / Num. restraintsaints: 8090 / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 950 5 %random
Rwork0.218 ---
obs0.218 18187 82.8 %-
all-18187 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2217
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1934 0 33 152 2119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.246
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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