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万見
- PDB-1sip: ALTERNATIVE NATIVE FLAP CONFORMATION REVEALED BY 2.3 ANGSTROMS RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sip
タイトルALTERNATIVE NATIVE FLAP CONFORMATION REVEALED BY 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF SIV PROTEINASE
要素UNLIGANDED SIV PROTEASE
キーワードHYDROLASE(ACID PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol polyprotein / Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wilderspin, A.F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Alternative native flap conformation revealed by 2.3 A resolution structure of SIV proteinase.
著者: Wilderspin, A.F. / Sugrue, R.J.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1994
タイトル: Purification of Crystallizable Recombinant Sivmac251-32H Proteinase
著者: Sugrue, R.J. / Almond, N. / Kitchin, P. / Richardson, S.M.H. / Wilderspin, A.F.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of Recombinant Simian Immunodeficiency Virus Proteinase
著者: Wilderspin, A.F. / Sugrue, R.J.
履歴
登録1994年4月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE STRANDS IN THE *SHEET* RECORDS CORRESPOND TO THE NOTATION IN *JRNL* AS FOLLOWS. 1=B, 2=C, ...SHEET THE STRANDS IN THE *SHEET* RECORDS CORRESPOND TO THE NOTATION IN *JRNL* AS FOLLOWS. 1=B, 2=C, 3=D', 4=D, 5=C', 6=B', 7=A'. THE DIMER INTERFACE IS COMPOSED OF INTERDIGITATED N- AND C-TERMINAL STRANDS FROM BOTH SUBUNITS FORMING A FOUR-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET, S2. APPLICATION OF THE TWO-FOLD ROTATION TO RESIDUES 2 - 4 AND 95 - 99 GENERATES RESIDUES 2' - 4' AND 95' - 99', RESPECTIVELY. BECAUSE OF THE LIMITATIONS IMPOSED BY THE PROTEIN DATA BANK FORMAT, IT IS NOT POSSIBLE TO PRESENT THIS SHEET ON *SHEET* RECORDS. INSTEAD THIS SHEET IS SPECIFIED IN THIS REMARK. STRANDS 1 AND 3 ARE FROM THE MOLECULE IN THIS ENTRY, AND ARE TERMED STRAND A AND STRAND T IN *JRNL*; STRANDS 2 AND 4 ARE FROM THE SYMMETRY-RELATED MOLECULE. S2 4 GLN 2 SER 4 0 S2 4 MET 95' PHE 99' -1 S2 4 MET 95 PHE 99 -1 S2 4 GLN 2' SER 4' -1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNLIGANDED SIV PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7871
ポリマ－10,7871
非ポリマー00
水72140
1
A: UNLIGANDED SIV PROTEASE

A: UNLIGANDED SIV PROTEASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5752
ポリマ－21,5752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3560 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.180, 62.520, 95.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-100-

HOH

21A-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UNLIGANDED SIV PROTEASE


分子量: 10787.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: S2 / 器官: LEAVES
参照: UniProt: Q87706, UniProt: Q88016*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE THREE SEQUENCE VARIATIONS BETWEEN SIVMAC251-32H SHOWN IN SEQRES AND THE DATA BASE ENTRY ...THERE ARE THREE SEQUENCE VARIATIONS BETWEEN SIVMAC251-32H SHOWN IN SEQRES AND THE DATA BASE ENTRY FOR SIVMAC251, NAMELY E63K, R72K AND F99L. THERE IS ONE VARIATION WITH ENTRY SIVMAC239, NAMELY R72K. THESE VARIATIONS ARE DESCRIBED IN REFERENCE 1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13 mg/mlproteinase1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
30.2 M1reservoirNaCl

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 4457 / % possible obs: 97.7 % / Num. measured all: 25196 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.46 Å / % possible obs: 89.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
RESTRAIN精密化
FRODOモデル構築
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.17 4457 97.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数760 0 0 40 800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 4457 / Rfactor all: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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