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- PDB-1sig: CRYSTAL STRUCTURE OF A SIGMA70 SUBUNIT FRAGMENT FROM ESCHERICHIA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sig
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SIGMA70 SUBUNIT FRAGMENT FROM ESCHERICHIA COLI RNA POLYMERASE
要素RNA POLYMERASE PRIMARY SIGMA FACTOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / response to heat / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD ...RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor RpoD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Malhotra, A. / Severinova, E. / Darst, S.A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a sigma 70 subunit fragment from E. coli RNA polymerase.
著者: Malhotra, A. / Severinova, E. / Darst, S.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Domain Organization of the Escherichia Coli RNA Polymerase Sigma 70 Subunit
著者: Severinova, E. / Severinov, K. / Fenyo, D. / Marr, M. / Brody, E.N. / Roberts, J.W. / Chait, B.T. / Darst, S.A.
履歴
登録1997年2月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA POLYMERASE PRIMARY SIGMA FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0931
ポリマ－39,0931
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.229, 79.229, 134.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RNA POLYMERASE PRIMARY SIGMA FACTOR / SIGMA70


分子量: 39092.883 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 114 - 448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: RPOD / プラスミド: PET15B (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): RPOD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00579
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5.1
詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5-0.7 M LI2SO4, 5-7% (W/V) PEG 8000, 5 MM DTT, PH 5.1; TRANSFERRED IN EIGHT STEPS TO 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5 M LI2SO4, 15% (W/V) PEG 8000, ...詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5-0.7 M LI2SO4, 5-7% (W/V) PEG 8000, 5 MM DTT, PH 5.1; TRANSFERRED IN EIGHT STEPS TO 50 MM SODIUM ACETATE, 0.5 M LI2SO4, 15% (W/V) PEG 8000, 17.5% GLYCEROL AND 10MM DTT, PH 5.1
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Severinova, E., (1996) J.Mol.Biol., 263, 637.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112.5-15 mg/mlprotein1drop
225 mMsodium acetate1drop
30.25-0.35 M1dropLi2SO4
42.5-3.5 %(w/v)PEG80001drop
52.5 mMDTT1drop
650 mMsodium acetate1reservoir
70.5-0.7 M1reservoirLi2SO4
85-7 %(w/v)PEG80001reservoir
95 mMDTT1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9663 / 波長: 0.9663, 0.9879
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月25日 / 詳細: COLLIMATOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96631
20.98791
反射解像度: 2.6→15 Å / Num. obs: 13160 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.84 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 4.63 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 78.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 76887 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.3 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.0092 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 1170 10.28 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 11376 90.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1484 Å20 Å20 Å2
2---5.1484 Å20 Å2
3---10.2967 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.33 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 0 111 2593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.332
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.312
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3707 133 10.84 %
Rwork0.3569 1094 -
obs--80.04 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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