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- PDB-1shs: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1shs
タイトルSMALL HEAT SHOCK PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
キーワードHEAT SHOCK PROTEIN / CHAPERONE / BETA-SANDWICH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex oligomerization / response to salt stress / protein folding chaperone / response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small heat shock protein HSP16.5
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, NCS AVERAGING / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kim, K.K. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a small heat-shock protein.
著者: Kim, K.K. / Kim, R. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Purification, Crystallization, and Preliminary X-Ray Crystallographic Data Analysis of Small Heat Shock Protein Homolog from Methanococcus Jannaschii, a Hyperthermophile
著者: Kim, K.K. / Yokota, H. / Santoso, S. / Lerner, D. / Kim, R. / Kim, S.H.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Small Heat Shock Protein of Methanococcus Jannaschii, a Hyperthermophile
著者: Kim, R. / Kim, K.K. / Yokota, H. / Kim, S.H.
履歴
登録1998年7月30日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
B: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
C: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
D: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
E: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
F: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
G: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
H: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7608
ポリマ－131,7608
非ポリマー00
水00
1
A: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
B: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
C: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
D: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
E: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
F: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
G: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
H: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN

A: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
B: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
C: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
D: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
E: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
F: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
G: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
H: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN

A: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
B: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
C: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
D: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
E: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
F: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
G: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN
H: SMALL HEAT SHOCK PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,28024
ポリマ－395,28024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area80280 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area109750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)171.440, 171.440, 101.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.041037, -0.427448, 0.903108), (0.735502, 0.624706, 0.262257), (-0.676279, 0.653475, 0.340025)-52.0428, -15.2007, 38.1647
2given(-0.843373, -0.537327, -0.001594), (-0.537313, 0.843367, -0.005267), (0.004174, -0.003585, -0.999985)0.4348, 0.3834, 116.2978
3given(-0.426968, 0.0241, -0.903946), (0.608952, 0.74666, -0.267725), (0.668487, -0.66477, -0.333475)52.5295, 15.5171, 78.1865
4given(0.036806, 0.737799, -0.674016), (-0.405421, 0.627498, 0.66474), (0.913389, 0.248794, 0.322215)38.6761, -38.5265, 39.9782
5given(-0.920358, 0.320555, 0.224023), (0.312979, 0.260264, 0.913404), (0.234491, 0.910773, -0.339862)-12.7644, -52.731, 77.9529
6given(-0.424174, 0.597454, 0.680533), (0.015745, 0.75624, -0.654105), (-0.905444, -0.26674, -0.330184)-39.3339, 38.1798, 77.3185
7given(0.354818, -0.906348, -0.229427), (0.24566, 0.327151, -0.912482), (0.902084, 0.267404, 0.338732)13.2155, 53.1379, 38.5867

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要素

#1: タンパク質
SMALL HEAT SHOCK PROTEIN


分子量: 16469.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: PET21A-PSJS1240 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q57733

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 5.7 / 詳細: pH 5.7
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Kim, K.K., (1998) J.Struct.Biol., 121, 76. / PH range low: 5.7 / PH range high: 5.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
20.2-0.3 Msodium acetate1drop
325-30 %MPD1drop
40.02 M1dropCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月1日
詳細: ALUMINUM ELECTROLESS NICKEL-PLATED RHODIUM-COATED CYLINDRICAL 1:1 FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE FLAT CRYSTAL MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 24757 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 97.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.85モデル構築
X-PLOR3.85精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.85位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, NCS AVERAGING / 解像度: 2.9→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2202 10 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 22008 89.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.551 Å211.199 Å20 Å2
2--22.551 Å20 Å2
3---23.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7144 0 0 0 7144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.505
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d32.03
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.713
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.361.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.9442
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.712
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.9952.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 3.427 Å2 / Rms dev position: 0.041 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 300
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3496 190 6.26 %
Rwork0.3503 1775 -
obs--64.78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg32.03
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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