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- PDB-1shk: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SHIKIMATE KINASE FROM ERWINIA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1shk
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SHIKIMATE KINASE FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI
要素SHIKIMATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / SHIKIMATE KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / ADP / SHIKIMATE PATHWAY / P-LOOP PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate kinase / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate kinase 2 / Shikimate kinase, conserved site / Shikimate kinase signature. / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Krell, T. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of shikimate kinase from Erwinia chrysanthemi.
著者: Krell, T. / Coyle, J.E. / Horsburgh, M.J. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Shikimate Kinase
著者: Krell, T. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録1997年10月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIKIMATE KINASE
B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0245
ポリマ－37,9522
非ポリマー733
水8,521473
1
A: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0243
ポリマ－18,9761
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0002
ポリマ－18,9761
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子

B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0245
ポリマ－37,9522
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/41
Buried area2100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
5
A: SHIKIMATE KINASE
B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子

A: SHIKIMATE KINASE
B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,04910
ポリマ－75,9034
非ポリマー1466
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.500, 108.500, 92.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.497526, -0.860359, 0.110681), (-0.866844, 0.497881, -0.026385), (-0.032405, -0.10907, -0.993506)
ベクター: 80.8, 48.6088, 31.7478)

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要素

#1: タンパク質 SHIKIMATE KINASE


分子量: 18975.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 株: NCPPB 1066 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: AROL / プラスミド: PTB361SK / 遺伝子 (発現宿主): AROL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P10880, shikimate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE GAP IN THE MOLECULAR STRUCTURE CORRESPONDS TO RESIDUES OF THE LID-DOMAIN. BY ANALOGY TO ...THE GAP IN THE MOLECULAR STRUCTURE CORRESPONDS TO RESIDUES OF THE LID-DOMAIN. BY ANALOGY TO ADENYLATE KINASES THE LID DOMAIN CLOSES OVER BOUND ATP.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 6.9
詳細: 2.16M NACL, 100MM HEPES BUFFER PH 6.9, 5MM ADP, 5MM SHIKIMATE, 10MM MGCL2
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl1drop
25 mMADP1drop
310 mM1dropMgCl2
416 mg/mlenzyme1drop
52.16 M1reservoirNaCl
6100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24 Å / Num. obs: 44761 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.94 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX-90モデル構築
SHELX-90精密化
SHELX-90位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0
詳細: X-PLOR WAS USED FOR INITIAL ROUNDS OF REFINEMENT AND PROVIDED THE BULK SOLVENT CORRECTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4100 10 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.174 41323 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2415 0 3 473 2891

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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