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- PDB-1sgt: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES GRISEUS TRYPSIN AT 1.7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgt
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES GRISEUS TRYPSIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素TRYPSIN
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Read, R.J. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Refined crystal structure of Streptomyces griseus trypsin at 1.7 A resolution.
著者: Read, R.J. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Critical Comparison of Comparative Model Building of Streptomyces Griseus Trypsin
著者: Read, R.J. / Brayer, G.D. / Jurasek, L. / James, M.N.G.
履歴
登録1988年4月13日処理サイト: BNL
改定 1.01988年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET SHEETS S1 AND S2 ARE BOTH SIX-STRANDED SHEETS FORMING A BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED ON ...SHEET SHEETS S1 AND S2 ARE BOTH SIX-STRANDED SHEETS FORMING A BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED ON THE SHEET RECORDS BELOW BY A SEVEN-STRANDED SHEET WITH THE FIRST AND LAST STRANDS IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1172
ポリマ－23,0771
非ポリマー401
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.290, 50.980, 120.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: THR 20 - POSSIBLE STATIC DISORDER WITH CHI 1 ROTATED BY -120 DEGREES.
2: ARG 21 - POOR DENSITY FOR GUANIDINIUM GROUP.
3: THR 65 - POSSIBLE STATIC DISORDER WITH CHI 1 ROTATED BY +120 DEGREES.
4: LYS 82 - GOOD DENSITY UP TO NZ WHICH IS NOT VISIBLE. / 5: ARG 84 - NOISY DENSITY BEYOND CD. / 6: LYS 87 - VERY WEAK DENSITY BEYOND CD.
7: THR 98 - POSSIBLE STATIC DISORDER WITH CHI 1 ROTATED BY +120 DEGREES.
8: GLN 110 - NOISY SIDE CHAIN DENSITY. / 9: LYS 122 - WEAK DENSITY BEYOND CG.
10: GLN 133 - CHI 3 ANGLE DIFFICULT TO ESTABLISH FROM DENSITY.
11: ARG 145 - NOISY AND AMBIGUOUS SIDE CHAIN DENSITY, PROJECTING INTO SOLVENT.
12: ASN 174 - LITTLE DENSITY FOR OD1 AND ND2. / 13: GLN 192 - DENSITY NOISY AND WEAK BEYOND CB.
14: ASN 204 - NOISY DENSITY, POSSIBLY DUE TO STATIC DISORDER AROUND CHI 1.
15: ASP 205 - VERY WEAK DENSITY FOR CB, NOISY DENSITY FOR CARBOXYL GROUP.
16: SER 236 - POSSIBLE STATIC DISORDER ABOUT CHI 1.
17: ARG 243 - VERY NOISY DENSITY, SIDE CHAIN PAST CG IS ESSENTIALLY ARBITRARY.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-264-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 23076.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00775, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
由来についての詳細SGT IS PURIFIED FROM PRONASE, A COMMERCIAL PRODUCT OBTAINED FROM THE EXTRACELLULAR CULTURE FILTRATE ...SGT IS PURIFIED FROM PRONASE, A COMMERCIAL PRODUCT OBTAINED FROM THE EXTRACELLULAR CULTURE FILTRATE OF THE SOIL BACTERIUM STREPTOMYCES GRISEUS, STRAIN K1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
210 mM1reservoirCa(CH3CO2)2
30.1 mM1reservoirNaN3
40.5 M1drop(NH4)2SO4

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 24878 / Num. measured all: 25580
反射 シェル
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7→8 Å / σ(I): 0 /
Rfactor反射数%反射
all0.23 --
obs0.161 20046 80.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1620 0 1 192 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.027
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8161.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.5352
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.7293.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.4665
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.016
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2080.13
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2790.35
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.130.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1770.35
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.12.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 1 / 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 20046 / Rfactor obs: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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