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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sem | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL DETERMINANTS OF PEPTIDE-BINDING ORIENTATION AND OF SEQUENCE SPECIFICITY IN SH3 DOMAINS | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / SRC-HOMOLOGY 3 (SH3) DOMAIN / PEPTIDE-BINDING PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 ...Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Insulin receptor signalling cascade / MET activates RAS signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOU GTPase cycle / FLT3 Signaling / PIP3 activates AKT signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR downregulation / PI3K events in ERBB2 signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / RAF/MAP kinase cascade / Negative regulation of MET activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell projection organization / Downstream signal transduction / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / Regulation of signaling by CBL / regulation of nematode larval development / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of vulval development / male genitalia development / COP9 signalosome / muscle organ development / epidermal growth factor receptor binding / regulation of MAPK cascade / regulation of cell migration / phosphotyrosine residue binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / signal transduction / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, W.A. / Richards, F.M. / Fox, R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Structural determinants of peptide-binding orientation and of sequence specificity in SH3 domains. 著者: Lim, W.A. / Richards, F.M. / Fox, R.O. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: The Sh2 and SH3 Domains of Mammalian Grb2 Couple the Egf Receptor to the Ras Activator Msos1 著者: Rozakis-Adcock, M. / Fernley, R. / Wade, J. / Pawson, T. / Bowtell, D. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: C. Elegans Cell-Signalling Gene Sem-5 Encodes a Protein with Sh2 and SH3 Domains 著者: Clark, S.G. / Stern, M.J. / Horvitz, H.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sem.cif.gz | 36 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sem.ent.gz | 27.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1sem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1sem | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6799.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: GRB2 / プラスミド: PET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29355 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1100.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 由来についての詳細 | MOLECULE_NAME: MSOS, 10-RESIDUE PEPTIDE (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG). PEPTIDE IS FROM ...MOLECULE_NAME: MSOS, 10-RESIDUE PEPTIDE (ACE-PRO-PRO-PRO-VAL-PRO-PRO-ARG-ARG-ARG). PEPTIDE IS FROM BIOLOGICAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月24日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 6912 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rmerge(I) obs: 0.08 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→7 Å / σ(F): 2 詳細: SSBOND CRYSTALS GROWN IN THE PRESENCE OF DTT; DISULFIDE BOND THOUGHT TO FORM AFTER INITIAL EXPOSURE TO X-RAYS; CAUSED STABLE SHIFT IN UNIT CELL DIMENSIONS.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |