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万見
- PDB-1sdr: CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA DODECAMER CONTAINING THE ESCHERICHIA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sdr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA DODECAMER CONTAINING THE ESCHERICHIA COLI SHINE-DALGARNO SEQUENCE
要素
  • RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')
キーワードRNA / A-RNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schindelin, H. / Zhang, M. / Bald, R. / Fuerste, J.-P. / Erdmann, V.A. / Heinemann, U.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of an RNA dodecamer containing the Escherichia coli Shine-Dalgarno sequence.
著者: Schindelin, H. / Zhang, M. / Bald, R. / Furste, J.P. / Erdmann, V.A. / Heinemann, U.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: A Single Base Change in the Shine-Dalgarno Region of 16s RRNA of Escherichia Coli Affects Translation of Many Proteins
著者: Jacobs, W.F. / Santer, M. / Dahlberg, A.E.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987
タイトル: Specialized Ribosome Systems: Preferential Translation of a Single MRNA Species by a Subpopulation of Mutated Ribosomes in Escherichia Coli
著者: Hui, A. / De Boer, H.A.
履歴
登録1994年12月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2194
ポリマ－15,2194
非ポリマー00
水70339
1
A: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6102
ポリマ－7,6102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6102
ポリマ－7,6102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.690, 30.900, 41.980
Angle α, β, γ (deg.)90.92, 103.63, 113.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.72859, -0.12371, -0.67368), (0.09391, -0.95622, 0.27717), (-0.67848, -0.26521, -0.68508)
ベクター: 9.00667, -8.99483, 17.76623)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*AP*U)-3')


分子量: 3916.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*A)-3')


分子量: 3693.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化
*PLUS
温度: 32 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlRNA1drop
25 %(v/v)MPD1drop
3200 mM1dropMgCl2
530 %MPD1reservoir
6400 mM1reservoirMgCl2
740 mMsodium cacodylate1reservoir
4sodium cacodylate1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 3050 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.74 Å / % possible obs: 81.2 %

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.195 -
obs0.195 2957
原子変位パラメータBiso mean: 13.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1006 0 39 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.82
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.82
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.73
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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