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万見
- PDB-1sdo: Crystal Structure of Restriction Endonuclease BstYI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sdo
タイトルCrystal Structure of Restriction Endonuclease BstYI
要素BstYI
キーワードHYDROLASE / Restriction Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type-2 restriction enzyme BglII / Restriction endonuclease BglII / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Townson, S.A. / Samuelson, J.C. / Vanamee, E.S. / Edwards, T.A. / Escalante, C.R. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of BstYI at 1.85 A Resolution: A Thermophilic Restriction Endonuclease with Overlapping Specificities to BamHI and BglII
著者: Townson, S.A. / Samuelson, J.C. / Vanamee, E.S. / Edwards, T.A. / Escalante, C.R. / Xu, S.Y. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2004年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BstYI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2231
ポリマ－23,2231
非ポリマー00
水1,62190
1
A: BstYI

A: BstYI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4452
ポリマ－46,4452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)69.890, 76.610, 78.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of a monomer (1 chain). The biological dimer is generated by the operations: Rotation Matrix -1.00000 0.00002 0.00000 0.00002 1.00000 -0.00004 0.00000 -0.00004 -1.00000 Translation 69.89 0.0094 78.9707

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要素

#1: タンパク質 BstYI


分子量: 23222.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: BSTYIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2744
参照: UniProt: Q84AF2, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG-400, 0.1M HEPES, 200mM Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.973, 0.9282
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9731
20.92821
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 34966 / Num. obs: 33604 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 17.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データ削減
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3273 -RANDOM
Rwork0.22 ---
all-34966 --
obs-33604 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.915 Å20 Å20 Å2
2---7.148 Å20 Å2
3---5.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-1.85 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 0 90 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.00709
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2909
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.829

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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