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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sch | |||||||||
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タイトル | PEANUT PEROXIDASE | |||||||||
要素 | PEANUT PEROXIDASE, MAJOR CATIONIC ISOZYME | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CALCIUM BINDING / GLYCOSYLATION / PEROXIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arachis hypogaea (トウジンマメ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuller, D.J. / Poulos, T.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: The crystal structure of peanut peroxidase. 著者: Schuller, D.J. / Ban, N. / Huystee, R.B. / McPherson, A. / Poulos, T.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sch.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sch.ent.gz | 89.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sch_validation.pdf.gz | 556 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sch_full_validation.pdf.gz | 562.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sch_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sch_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/1sch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/1sch | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.43899, 0.64242, -0.62816), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31206.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CULTURED PEANUT CELLS / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 細胞内の位置: SECRETED, EXTRACELLULAR / 参照: UniProt: P22195, peroxidase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RESIDUE CYS A 44, CYS A 49, CYS B 44, CYS B 49 ARE LOOP RESIDUES INVOLVED IN BINDING DISTAL CALCIUM. ...RESIDUE CYS A 44, CYS A 49, CYS B 44, CYS B 49 ARE LOOP RESIDUES INVOLVED IN BINDING DISTAL CALCIUM. RESIDUES CYS A 176, CYS A 201, CYS B 176, CYS B 201 DEMARCATE F' AND F" HELICES UNIQUE TO CLASS III PEROXIDASE | 配列の詳細 | THE SIDE CHAIN OF RESIDUE 1 IN EACH CHAIN IS POORLY RESOLVED; IT IS MODELED AS PCA BASED ON ...THE SIDE CHAIN OF RESIDUE 1 IN EACH CHAIN IS POORLY RESOLVED; IT IS MODELED AS PCA BASED ON BIOCHEMICA | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年9月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 19674 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 | *PLUS % possible obs: 86 % / Num. measured all: 56127 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.56 Å / 最低解像度: 2.68 Å / % possible obs: 41 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.56→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES SER A 277 AND SER B 277 HAVE RAMACHANDRAN ANGLES IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.56→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_d / Dev ideal: 20.619 |