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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s9n | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of the nitrous acid (G)-(G) cross-linked DNA dodecamer duplex GCATCC(G)GATGC | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / CROSS-LINK / NITROUS ACID / EXTRAHELICAL CYTOSINES / MINOR GROOVE | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, relaxation matrix | ![]() Edfeldt, N.B.F. / Harwood, E.A. / Sigurdsson, S.T. / Hopkins, P.B. / Reid, B.R. | ![]() ![]() タイトル: Solution structure of a nitrous acid induced DNA interstrand cross-link 著者: Edfeldt, N.B.F. / Harwood, E.A. / Sigurdsson, S.T. / Hopkins, P.B. / Reid, B.R. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 378.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 317.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 542.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Chemically synthesized according to Harwood et al.(1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 5081-5082 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
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試料調製
詳細 | 内容: 1mM DNA, 10mM Phosphate pH 7.0, 200mM NaCl, 1mM EDTA |
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試料状態 | イオン強度: 200mM / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
ソフトウェア | 名称: DISCOVER / バージョン: 1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, relaxation matrix ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 715 distance restraints (560 are NOE-derived, 52 based on hydrogen bonding, 103 repulsive) and 178 dihedral angle restraints (106 backbone and 72 chiral). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 26 |