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万見
- PDB-1s9a: Crystal Structure of 4-Chlorocatechol 1,2-dioxygenase from Rhodoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9a
タイトルCrystal Structure of 4-Chlorocatechol 1,2-dioxygenase from Rhodococcus opacus 1CP
要素Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase activity / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / catabolic process / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / Chem-HGP / Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus opacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Solyanikova, I.P. / Kolomytseva, M.P. / Scozzafava, A. / Golovleva, L.A. / Briganti, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of 4-chlorocatechol 1,2-dioxygenase from the chlorophenol-utilizing gram-positive Rhodococcus opacus 1CP.
著者: Ferraroni, M. / Solyanikova, I.P. / Kolomytseva, M.P. / Scozzafava, A. / Golovleva, L. / Briganti, F.
履歴
登録2004年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
B: Chlorocatechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8929
ポリマ－57,9592
非ポリマー1,9337
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.328, 89.328, 313.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chlorocatechol 1,2-dioxygenase / Pyrocatechase


分子量: 28979.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: O67987, catechol 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 291分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-HGP / (1-HEXADECANOYL-2-TETRADECANOYL-GLYCEROL-3-YL) PHOSPHONYL CHOLINE / 1-パルミトイル-2-ミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 706.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H77NO8P
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulphate, sodium chloride, tris, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.00067 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: a double-crystal monochromator in non-dispersive configuration with two interchangeable pairs of crystals - Si(111) and Si(220)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→158.1 Å / Num. obs: 26170 / % possible obs: 92.23 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 63.7 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.47→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1321 / Rsym value: 0.679 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.47→158.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.057 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28963 1288 5 %RANDOM
Rwork0.21217 ---
all0.21612 24226 --
obs0.21612 24226 92.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.293 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å2-1.16 Å20 Å2
2---2.33 Å20 Å2
3---3.49 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3534 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→158.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 106 284 4431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9465794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5785510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.130.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.52563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05224160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3531700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3454.51634
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.535 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.369 76
Rwork0.296 1722

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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