PDB-1s94: Crystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s94

タイトル

Crystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from the squid Loligo pealei

要素

s-syntaxin

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / three helix bundle / structural plasticity / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / presynaptic active zone membrane / SNARE binding / intracellular protein transport / synaptic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Loligo pealei (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.34 Å

データ登録者

Bracher, A. / Weissenhorn, W.

引用

ジャーナル: BMC STRUCT.BIOL. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Habc domain of neuronal syntaxin from the squid Loligo pealei reveals conformational plasticity at its C-terminus
著者: Bracher, A. / Weissenhorn, W.

履歴

登録	2004年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s94.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s94.ent.gz	39.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s94_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s94_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	1s94_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	1s94_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/1s94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/1s94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ez3S 1br0 1epu 1l4a 3c98 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c8w-2 4wwd-d 2y39-d 2y3b-d 4u64-d 4c8w-1 5ag9-2 4j2c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: s-syntaxin

B: s-syntaxin

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: s-syntaxin

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: s-syntaxin

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.056, 73.056, 224.434
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	s-syntaxin 分子量: 20715.221 Da / 分子数: 2 / 断片: Habc domain / 変異: M1R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 pUBS / 参照: UniProt: O46345
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 400, 0.2M Na-citrate, 0.1M Tris HCl, 20mM HEPES-KOH, 100mM KCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0088 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→15 Å / Num. all: 9361 / Num. obs: 9304 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / R_merge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 906 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1EZ3, chain A

1ez3

解像度: 3.34→14.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.847 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.818 / SU B: 25.633 / SU ML: 0.43 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.889 / ESU R Free: 0.55 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.37537	500	5.4 %	RANDOM
R_work	0.30878	-	-	-
obs	0.31255	8751	100 %	-
all	-	8751	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.344 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.34→14.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1620	0	0	0	1620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.61	1.945	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.636	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.315	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.328	2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.84	3	504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.478	4.5	454

LS精密化シェル

解像度: 3.34→3.421 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.5	33
R_work	0.413	575

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2393	-0.8554	-2.1901	2.0629	5.4287	11.5022	-0.3238	0.0903	0.1133	-0.3332	-0.1008	0.2081	-0.6144	0.3019	0.4246	0.1669	0.0249	-0.0918	0.3886	-0.0952	0.2379	56.4489	60.4329	36.5746
2	1.2178	-0.7459	-1.7061	18.8644	14.1256	11.7314	-0.2142	-0.2344	-0.1502	0.1301	-0.0765	0.4438	0.0244	-0.1354	0.2908	0.1445	0.0504	-0.0362	0.3701	-0.1283	0.124	49.7829	55.464	37.4181
3	0.0219	0.9373	0.3144	0.2014	0.2671	1.3654	-0.0199	-0.0556	-0.0307	0.1437	0.202	-0.1054	0.2147	0.2549	-0.1821	0.2666	0.0451	-0.0515	0.3664	-0.1148	0.237	59.8063	52.5834	42.0149
4	3.1883	0.6432	2.1352	-0.3492	0.6525	2.3849	-0.005	0.1092	0.3347	0.0738	-0.2657	-0.1071	0.1131	-0.0193	0.2707	0.3138	0.0333	-0.1619	0.112	-0.0719	0.194	80.5696	69.9289	76.4091
5	7.7732	0.438	4.8272	-0.1006	0.9152	3.9172	0.3401	0.214	0.6827	0.4155	-0.5797	0.2089	0.5213	-0.0381	0.2395	0.2893	0.0565	-0.1829	0.2002	-0.0385	0.1157	73.4824	74.5268	80.7975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 66	36 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	74 - 107	79 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	113 - 151	118 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	32 - 105	37 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	113 - 156	118 - 161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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