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万見
- PDB-1s8f: Crystal structure of Rab9 complexed to GDP reveals a dimer with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s8f
タイトルCrystal structure of Rab9 complexed to GDP reveals a dimer with an active conformation of switch II
要素Ras-related protein Rab-9A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / intracellular transport / vesicular trafficking / hemihedral twinning
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOBTB3 ATPase cycle / RAB geranylgeranylation / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / small monomeric GTPase / phagocytic vesicle membrane ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOBTB3 ATPase cycle / RAB geranylgeranylation / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of exocytosis / phagocytic vesicle / small monomeric GTPase / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / late endosome / melanosome / protein transport / regulation of protein localization / lysosome / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / STRONTIUM ION / Ras-related protein Rab-9A
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Wittmann, J.G. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of Rab9 complexed to GDP reveals a dimer with an active conformation of switch II.
著者: Wittmann, J.G. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2004年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-9A
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,68512
ポリマ－40,0752
非ポリマー1,61010
水4,161231
1
A: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9356
ポリマ－20,0371
非ポリマー8975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7506
ポリマ－20,0371
非ポリマー7135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Ras-related protein Rab-9A
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-9A
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,36924
ポリマ－80,1504
非ポリマー3,22020
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area28900 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
5
B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子

B: Ras-related protein Rab-9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,50012
ポリマ－40,0752
非ポリマー1,42510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.245, 98.245, 79.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2001-

SR

21A-9012-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-9A / Rab-9 / RAB9 GTPASE


分子量: 20037.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal truncation / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 遺伝子: RAB9A, RAB9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24408

-
非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG8000, Na-benzoate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0091 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0091 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 37662 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3752 / Rsym value: 0.0691 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ky3

1ky3


解像度: 1.77→30 Å / Num. parameters: 12164 / Num. restraintsaints: 11650 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was refined against data from a hemihedrally twinned crystal. The twin fraction is 0.253, the twin operator is (k,h,-l).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 1825 5 %keep twin-related reflection in same set
Rwork0.1646 ---
all-35770 --
obs-35770 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 4 / Occupancy sum hydrogen: 2550 / Occupancy sum non hydrogen: 3027.5
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 96 231 3039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0255
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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