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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s8c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human heme oxygenase in a complex with biliverdine | ||||||
![]() | Heme oxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme oxygenase-1 / heme degradation | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / negative regulation of leukocyte migration / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / negative regulation of leukocyte migration / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / erythrocyte homeostasis / endothelial cell proliferation / epithelial cell apoptotic process / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of macroautophagy / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Iron uptake and transport / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to nicotine / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / response to oxidative stress / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lad, L. / Friedman, J. / Li, H. / Bhaskar, B. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Heme Oxygenase-1 in a Complex with Biliverdin 著者: Lad, L. / Friedman, J. / Li, H. / Bhaskar, B. / Ortiz De Montellano, P.R. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qq8 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26898.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: 化合物 | ChemComp-BLA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, hepes, 1,6 hexanediol, water, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 119 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 64336 / Num. obs: 55646 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.24 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5768 / Rsym value: 0.056 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1qq8 ![]() 1qq8 解像度: 2.19→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
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