ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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CNS | 1 | 精密化 | | DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→29.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.229 | 3795 | 7.5 % | shells |
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Rwork | 0.19 | - | - | - |
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all | - | 62179 | - | - |
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obs | - | 50265 | 80.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 26.6625 Å2 / ksol: 0.298543 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 64.18 Å2 / Biso mean: 27.32 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 7.63 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -1.6 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.03 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.31 Å | 0.28 Å |
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Luzzati d res high | - | 2.22 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→29.24 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 7028 | 0 | 54 | 129 | 7211 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_deg22.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_torsion_impr_deg3.19 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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2.22-2.32 | 0.268 | 253 | 3.3 | 0.267 | 4014 | 0.017 | 7683 | 4267 | 55.5 | 2.32-2.44 | 0.241 | 506 | 6.6 | 0.241 | 5319 | 0.011 | 7676 | 5825 | 75.9 | 2.44-2.6 | 0.231 | 506 | 6.6 | 0.231 | 5446 | 0.01 | 7671 | 5952 | 77.6 | 2.6-2.8 | 0.228 | 506 | 6.6 | 0.228 | 5778 | 0.01 | 7720 | 6284 | 81.4 | 2.8-3.08 | 0.212 | 506 | 6.6 | 0.213 | 6112 | 0.009 | 7706 | 6618 | 85.9 | 3.08-3.52 | 0.197 | 506 | 6.5 | 0.197 | 6492 | 0.009 | 7776 | 6998 | 90 | 3.52-4.43 | 0.157 | 506 | 6.4 | 0.155 | 6644 | 0.007 | 7862 | 7150 | 90.9 | 4.43-29.24 | 0.153 | 506 | 6.2 | 0.155 | 6665 | 0.007 | 8128 | 7171 | 88.2 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | TOPPAR2:pga.parTOPPAR2:pga.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | water_rep.paramwater.top | | | | | | | |
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