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- PDB-1s7o: Crystal structure of putative DNA binding protein SP_1288 from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7o
タイトルCrystal structure of putative DNA binding protein SP_1288 from Streptococcus pygenes
要素Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Putative DNA binding protein / Signal recognition particle / RNA polymerase Sigma Factor / X-Rat crystallography / UPF0122 / structure funded by NIH / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative helix-turn-helix protein, YlxM/p13-like / Putative helix-turn-helix protein, YlxM / p13 like / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0122 protein SpyM3_0842 / UPF0122 protein SPy_1201/M5005_Spy0916
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Pufan, R. / DeGiovanni, A. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the putative DNA-binding protein SP_1288 from Streptococcus pyogenes.
著者: Oganesyan, V. / Pufan, R. / DeGiovanni, A. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152
B: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152
C: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8133
ポリマ－40,8133
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152
C: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2092
ポリマ－27,2092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152

A: Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2092
ポリマ－27,2092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.608, 69.685, 55.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is probably dimer; molecules with chain identifiers B and C

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0122 protein SPy1201/SpyM3_0842/SPs1042/spyM18_1152


分子量: 13604.293 Da / 分子数: 3 / 断片: gi 15675166 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pyogenes / 株: serotype M3 / 遺伝子: SPY1201, SPYM3_0842, SPS1042, SPYM18_1152 / プラスミド: pB3.1325B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P67253, UniProt: P0DG80*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.2
詳細: Citric Acid, Ammonium Nitrate, pH 3.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38 Å / Num. all: 40688 / Num. obs: 40607 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4066 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.301 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23686 1053 5.1 %RANDOM
Rwork0.20651 ---
all0.2081 19476 --
obs0.2081 19476 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.264 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å20 Å2-0.4 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2691 0 0 103 2794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9523688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6283315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00715498
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.31237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.5105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.379
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.51587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74322568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.03831144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0054.51120
LS精密化 シェル解像度: 2.308→2.368 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 61 -
Rwork0.224 1321 -
obs-1360 99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.82152.2332.83894.65594.39266.45620.1383-0.46680.06170.2855-0.08170.20010.1256-0.2581-0.05660.0392-0.01240.02720.09610.01770.0757.836544.360842.2744
23.8237-0.1634-1.34216.72281.06480.65690.0568-0.3721-0.17690.3477-0.18190.0312-0.03090.27260.12510.0384-0.002-0.04010.14520.02420.076558.57916.518832.2443
30.87521.03221.64582.21333.594911.9206-0.0462-0.19140.0581-0.0039-0.0748-0.0289-0.2271-0.21980.1210.08680.0366-0.00260.0721-0.00450.043385.822814.216749.8748
43.21520.43581.07231.8264-1.60962.8289-0.0081-0.17090.30610.2409-0.02480.2716-0.2017-0.06240.03290.06480.03620.03830.0583-0.03360.102279.067623.943223.5662
52.0745-1.9137-0.78755.97370.36342.21060.020.0949-0.1245-0.1908-0.06050.24920.1557-0.32310.04050.0571-0.0247-0.01210.10420.010.05578.8301-9.785431.6162
62.9860.87670.12323.1696-1.83941.3892-0.17110.3443-0.3006-0.14640.28680.21550.058-0.1017-0.11570.0596-0.0078-0.00940.0982-0.0340.076676.869615.873116.7497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 747 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2AA75 - 11175 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3BB6 - 746 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4BB75 - 11075 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5CC5 - 745 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6CC75 - 11175 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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