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万見
- PDB-1s7n: Ribosomal L7/L12 alpha-N-protein acetyltransferase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7n
タイトルRibosomal L7/L12 alpha-N-protein acetyltransferase in complex with Coenzyme A (CoA free sulfhydryl)
要素acetyl transferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / GNAT / alpha-N-protein acetyltransferase / Coenzyme A / L7/L12
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Vetting, M.W. / de Carvalho, L.P. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A novel dimeric structure of the RimL Nalpha-acetyltransferase from Salmonella typhimurium.
著者: Vetting, M.W. / de Carvalho, L.P. / Roderick, S.L. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acetyl transferase
B: acetyl transferase
C: acetyl transferase
D: acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7218
ポリマ－83,6514
非ポリマー3,0704
水6,918384
1
A: acetyl transferase
B: acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3614
ポリマ－41,8262
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: acetyl transferase
D: acetyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3614
ポリマ－41,8262
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.300, 82.300, 95.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer. Monomers A/B and C/D make up the two physiological dimers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
acetyl transferase / Acetylating enzyme for N-terminal of ribosomal protein L7/L12 / RIML


分子量: 20912.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: RimL / プラスミド: pet28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8ZPC0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor diffusion under oil / pH: 8
詳細: pentaerythritiol propoxylate 426, triethanolamine, KCl, ammonium sulfate, acetylCoenzyme A, TCEP, pH 8.0, vapor diffusion under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月23日 / 詳細: MSC Blue Confocal
放射モノクロメーター: MSC Blue Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 45918 / Num. obs: 45918 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.13 / % possible all: 86.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S7F

1s7f


解像度: 2.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2290 -random
Rwork0.18 ---
all0.18 45830 --
obs0.18 45830 93.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5736 0 192 384 6312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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