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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s79 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the central RRM of human La protein | ||||||
要素 | Lupus La protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / TRANSLATION / RRM / alpha/beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal ...nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / sequence-specific mRNA binding / poly(U) RNA binding / tRNA processing / positive regulation of translation / cytoplasmic stress granule / chromosome, telomeric region / tRNA binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Alfano, C. / Sanfelice, D. / Babon, J. / Kelly, G. / Jacks, A. / Curry, S. / Conte, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structural analysis of cooperative RNA binding by the La motif and central RRM domain of human La protein. 著者: Alfano, C. / Sanfelice, D. / Babon, J. / Kelly, G. / Jacks, A. / Curry, S. / Conte, M.R. #1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2003 タイトル: Resonance assignment and secondary structure of an N-terminal fragment of the human La protein 著者: Alfano, C. / Babon, J. / Kelly, G. / Curry, S. / Conte, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s79.cif.gz | 679.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s79.ent.gz | 568.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1s79_validation.pdf.gz | 352 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1s79_full_validation.pdf.gz | 553.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1s79_validation.xml.gz | 63.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1s79_validation.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/1s79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1s7aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12193.004 Da / 分子数: 1 / 断片: Central RRM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: P05455 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.4 mM RRM U-15N,13C; 20mM phosphate buffer, 100mM KCl, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM KCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |