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- PDB-1s6w: Solution Structure of hybrid white striped bass hepcidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6w
タイトルSolution Structure of hybrid white striped bass hepcidin
要素Hepcidin
キーワードANTIBIOTIC / two strand antiparalell beta sheet
機能・相同性Hepcidin / Hepcidin / hormone activity / intracellular iron ion homeostasis / defense response to bacterium / extracellular region / Hepcidin
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics
データ登録者Babon, J.J. / Singh, S. / Pennington, M.W. / Norton, R.S. / Westerman, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Bass hepcidin synthesis, solution structure, antimicrobial activities and synergism, and in vivo hepatic response to bacterial infections.
著者: Lauth, X. / Babon, J.J. / Stannard, J.A. / Singh, S. / Nizet, V. / Carlberg, J.M. / Ostland, V.E. / Pennington, M.W. / Norton, R.S. / Westerman, M.E.
履歴
登録2004年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepcidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2661
ポリマ－2,2661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #4closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Hepcidin


分子量: 2265.773 Da / 分子数: 1 / 断片: hepcidin, mature form (residues 65-85) / 由来タイプ: 合成
詳細: the protein was chemically synthesized, the sequence of the protein occurs naturally in hybrid white striped bass
参照: UniProt: P82951
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
1212D TOCSY
1312D NOESY
242E-COSY
2522D NOESY
16113C-HSQC
NMR実験の詳細Text: this structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and chemical shift data was obtained using standard 2D heteronuclear techniques performed at natural abundance isotope levels

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.5mM hepcidin, 95% H2O, 5% D2O, pH=4.795% H2O/5% D2O
23.5mM hepcidin, 100% D2O, 10mM CD3COONa, pH=4.5100% D2O; 10mM CD3COONa pH=4.5
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
104.71 atm298 K
210mM CD3COONa 4.51 atm298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR-NIH2.0.6C.D.Schwieters, J.J.Kuszewski, N.Tjandra and G.M.Clore構造決定
NMRPipe1F.Delaglio, S.Grzesiek, G.W.Vuister, G. Zhu, J.Pfeifer and A.Baxデータ解析
XwinNMR3.5brukercollection
X-PLOR-NIH2.0.6C.D.Schwieters, J.J.Kuszewski, N.Tjandra and G.M.Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 188 NOE-derived distance constraints, 238 dihedral angle restraints, 4 distance restraintsfrom hydrogen bonds
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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