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万見
- PDB-1s64: Rat protein geranylgeranyltransferase type-I complexed with L-778... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s64
タイトルRat protein geranylgeranyltransferase type-I complexed with L-778,123 and a sulfate anion
要素
  • Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
キーワードTRANSFERASE / L-778 / 123 / protein geranylgeranyltransferase type-I / protein prenylation / lipid modification / drug
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / regulation of microtubule-based movement / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / acetyltransferase activator activity / heterocyclic compound binding / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / receptor tyrosine kinase binding / microtubule binding / molecular adaptor activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-778 / Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Reid, T.S. / Long, S.B. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystallographic Analysis Reveals that Anticancer Clinical Candidate L-778,123 Inhibits Protein Farnesyltransferase and Geranylgeranyltransferase-I by Different Binding Modes.
著者: Reid, T.S. / Long, S.B. / Beese, L.S.
履歴
登録2004年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
B: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
D: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
F: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
H: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
J: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
L: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)524,28145
ポリマ－519,38612
非ポリマー4,89533
水24,7711375
1
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
B: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3276
ポリマ－86,5642
非ポリマー7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
2
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
D: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3988
ポリマ－86,5642
非ポリマー8336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
3
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
F: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3627
ポリマ－86,5642
非ポリマー7985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
4
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
H: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3988
ポリマ－86,5642
非ポリマー8336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area25720 Å2
手法PISA
5
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
J: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3988
ポリマ－86,5642
非ポリマー8336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
6
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
L: Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3988
ポリマ－86,5642
非ポリマー8336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.153, 268.681, 184.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11J-415-

HOH

21L-545-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type I alpha subunit / CAAX farnesyltransferase alpha subunit / Ras proteins prenyltransferase alpha / FTase-alpha / Type ...CAAX farnesyltransferase alpha subunit / Ras proteins prenyltransferase alpha / FTase-alpha / Type I protein geranyl-geranyltransferase alpha subunit / GGTase-I-alpha


分子量: 44098.145 Da / 分子数: 6 / 断片: alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: FNTA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I
#2: タンパク質
Geranylgeranyl transferase type I beta subunit / Type I protein geranyl-geranyltransferase beta subunit / GGTase-I-beta


分子量: 42466.176 Da / 分子数: 6 / 断片: beta subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PGGT1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53610, protein geranylgeranyltransferase type I

-
非ポリマー , 6種, 1408分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-778 / 4-[(5-{[4-(3-CHLOROPHENYL)-3-OXOPIPERAZIN-1-YL]METHYL}-1H-IMIDAZOL-1-YL)METHYL]BENZONITRILE / L-778,123 / 4-[5-[3-オキソ-4-(3-クロロフェニル)ピペラジノメチル]-1H-イミダゾ-ル-1-イルメチル]ベンゾニトリル


分子量: 405.880 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClN5O
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6.3
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 175 mM NaCitrate pH 6.5, 100 mM MES pH 6.3, 20 mM DTT, 1uM ZnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 6.30

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月19日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: BENT GE(III) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 320017 / Num. obs: 300151 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N4Q

1n4q


解像度: 2.55→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 4876426.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 15041 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 298789 93.4 %-
all-320017 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3673 Å2 / ksol: 0.359785 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.78 Å20 Å2-3.59 Å2
2--10.53 Å20 Å2
3----3.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32069 0 291 1375 33735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.342.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 2311 5 %
Rwork0.304 43615 -
obs--86.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM778.TOP
X-RAY DIFFRACTION4778.PARION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARMES.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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