PDB-1s5c: Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s5c

タイトル

Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 1

要素

Cholera enterotoxin, A chain
cholera enterotoxin B-subunit

キーワード

TRANSFERASE / TOXIN / cholera toxin / heat-labile enterotoxin / ADP ribose transferases / AB5 toxins

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / catalytic complex / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / periplasmic space / lipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

O'Neal, C.J. / Amaya, E.I. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of an intrinsically active cholera toxin mutant yield insight into the toxin activation mechanism
著者: O'Neal, C.J. / Amaya, E.I. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.

履歴

登録	2004年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s5c.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s5c.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s5c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/1s5c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s5bC 1s5dC 1s5eC 1s5fC 1ltgS 3chbS 1lta 1lts 1xtc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xtc-d 1lt3-d 1ltg-d 1ltt-d 1s5e-1 1s5b-d 1s5f-d 1lta-d 1lt4-d 1lti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cholera enterotoxin, A chain

D: cholera enterotoxin B-subunit

E: cholera enterotoxin B-subunit

F: cholera enterotoxin B-subunit

G: cholera enterotoxin B-subunit

H: cholera enterotoxin B-subunit

ヘテロ分子

85.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.818, 85.199, 71.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cholera enterotoxin, A chain / NAD(+)--diphthamide ADP- ribosyltransferase / Cholera enterotoxin A subunit 分子量: 27152.875 Da / 分子数: 1 / 変異: Y30S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXA, TOXA, VC1457 / プラスミド: pEIA154 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P01555, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質	cholera enterotoxin B-subunit 分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CTXB, TOXB, VC1456 / プラスミド: pEIA154 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01556
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 2000mme, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.0414 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0414 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.96 Å / Num. all: 23503 / Num. obs: 23503 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2357 / R_sym value: 0.484 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1LTG, 3CHB

1ltg

3chb

解像度: 2.5→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU B: 11.12 / SU ML: 0.248 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26172	1208	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19542	-	-	-
all	0.19882	22291	-	-
obs	0.19882	22291	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5612	0	1	94	5707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	1.928	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.873	3	11565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.877	5	722
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.3	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.3	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.5	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.08	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.102	0.3	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.3	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.869	3	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.425	4	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.365	4	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.178	6	1972

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.297	81
R_work	0.236	1568

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8572	0.6103	1.8334	0.9164	0.3966	2.4556	-0.0207	0.2543	0.3721	0.1112	0.1517	0.2376	-0.1977	0.3746	-0.131	0.0677	-0.03	0.0729	0.0969	-0.0137	0.1608	27.5091	50.1618	37.287
2	-1.2436	-2.5024	-2.8294	5.8612	2.1392	1.5758	0.1862	-0.2391	-0.0347	0.256	-0.131	-0.072	-0.6554	0.1717	-0.0552	0.1237	0.0255	0.0232	0.1825	-0.0448	0.0863	22.8786	39.6345	50.2792
3	1.1362	0.8612	-0.2638	1.0263	-0.3808	1.423	0.0461	0.0566	0.1597	0.1264	0.0893	0.0832	-0.0657	0.0127	-0.1355	0.0604	0.0306	0.0328	0.118	-0.0208	0.1219	19.8698	43.4263	39.6357
4	0.9968	0.6897	-2.9042	0.1139	-0.8784	6.3171	-0.0264	-0.1093	-0.0958	-0.0738	0.0144	0.0433	0.0984	0.1408	0.0119	0.1212	0.0775	0.0427	0.184	0.0198	0.0977	34.5273	32.5465	32.9032
5	1.183	0.2152	0.9981	2.0059	-0.7148	1.4382	-0.0679	-0.0933	0.0209	-0.0057	-0.0245	-0.0609	-0.0015	0.07	0.0924	0.0663	0.0118	-0.0071	0.1164	-0.0193	0.1035	59.4254	35.6661	28.1031
6	2.3064	0.5905	0.4072	1.3011	0.3503	1.7413	0.0972	-0.1098	-0.1221	0.0019	0.0245	-0.0479	0.1569	0.0359	-0.1217	0.1197	0.0087	-0.026	0.0652	0.0367	0.08	47.1596	18.8236	20.8257
7	0.9827	-0.4141	0.3851	2.4017	-0.1412	0.5315	0.0042	-0.0239	0.0718	-0.1097	-0.0126	0.0797	0.1098	-0.0163	0.0084	0.1029	-0.0295	0.023	0.1221	0.0094	0.0608	33.6407	26.619	5.5
8	1.5219	-0.0378	0.5392	3.4372	0.2297	1.3745	-0.0516	0.0198	-0.0276	-0.1078	0.0344	-0.1904	-0.0884	-0.0559	0.0172	0.0649	0.0002	0.0612	0.1024	0.0219	0.0643	38.0236	47.9032	2.7548
9	2.2106	-0.6682	0.9446	2.0199	-0.2388	2.6727	-0.2392	0.1098	0.2217	0.1905	0.0063	-0.3428	-0.2903	0.0278	0.2329	0.0908	-0.0309	-0.0834	0.0121	0.04	0.162	54.2276	53.2305	16.3289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 25	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	37 - 49	37 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	51 - 188	51 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	196 - 234	196 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	B	1 - 103	1 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	C	1 - 103	1 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	D	1 - 103	1 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	G	E	1 - 103	1 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	F	1 - 103	1 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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